21 сентября 1780 г. Духовный Собор вынес постановление о том, что все грамоты князей, царей, королей и гетманов и «все дела до архива относящиеся» следует поручить послушнику иеродиакону Исихию, забрав их из кельи казначея Нектария (Центральный государственный исторический архив Киева). Таким образом, именно с этого времени в Киевском Выдубицком монастыре была учреждена «архивная служба». В 1875 г. Комиссия Киевской духовной академии обследовала древнейшие киевские монастыри с целью выявления ценных исторических документов и их передачи в академическое собрание. В Выдубичах работал приват-доцент С.Т. Голубев, который отметил богатство монастырского архива, включающего документы с начала ХVI в., наличие в библиотеке старопечатных книг и рукописей. С.Т. Голубев констатировал: «Богатство монастырского архива, который по древности и численности сохранившихся в нём документов далеко превосходит все, вместе взятые архивы остальных киевских монастырей. Довольно большая комната в одном из монастырских корпусов буквально загромождена кипами бумажных связок». В 1890 г. ценную коллекцию рукописей, гравюр и книг (700 единиц) подарил монастырю ктитор Соломка. Сначала библиотека и архив хранились на хорах Михайловской церкви (во время пожара в 1760 г. были вынесены из горящего храма), впоследствии – в закрытой Данииловской церкви на колокольне. В 1902–1904 гг. для архива и библиотеки построили специальное здание. На первом этаже разместили центр пневматического отопления и церковную лавку, а второй этаж заняли библиотека и архив. Резные шкафы для книг и документов изготовил послушник Г. Кишев. В 1920 гг. архив и библиотеку конфисковали и передали во Всенародную библиотеку Украины. К 2013 г. архив хранился в Центральном государственном историческом архиве Киева, рукописное собрание – в Институте рукописей Национальной библиотеки Украины имени В.И. Вернадского. В здании бывшей библиотеки и архива Киевского Выдубицкого монастыря устроен ресторан. В древности погребения совершались и в Михайловском соборе, и в специальных пристройках к нему. Но лишь с XVIII в. документы подробно фиксируют имена погребённых лиц и места их захоронения. В 1706 г. в специальном склепе Георгиевского (в то время новопостроенного Михайловского) собора был погребён ктитор М.А. Миклашевский (в 2010 г. трудами одного из наследников Миклашевских склеп отреставрирован, и останки положены в новую раку). В 1754 г. здесь был погребён поэт и богослов архимандрит Сильвестр (Ляскоронский). В конце XVIII в. монастырское священноначалие уведомило митрополита Самуила (Миславского), что на территории Киевского Выдубицкого монастыря исчерпаны места для погребения, испрашивая разрешение на вторичные захоронения. В 1788 г. на горе рядом с Киевским Выдубицким монастырём было открыто новое кладбище для погребения братии. В последней трети ХIХ в. был составлен перечень погребённых известных лиц (105 имён) и скопированы надписи с надгробий. Перечень могил 1910 г. включал 310 имён. В 1919 г. архитекторы Н.Н. Ильин и В.И. Лесючевский обследовали памятники, зарисовали их и скопировали надписи. В 1920 гг. большинство памятников со скульптурами, из драгоценных металлов и мрамора были украдены или разбиты, кресты повалены. После 1920 гг. здесь уже никого не погребали. Только в 1943 г. были похоронены в двух братских могилах освободители Киева, останки которых впоследствии перенесли в Парк Славы. На территории Киевского Выдубицкого монастыря сохранились немногочисленные надгробия, в том числе над погребением известных меценатов и основателей киевских музеев Богдана Ивановича Ханенко (1844 (1849?) – 1917 гг.) и Варвары Николаевны Ханенко (1848–1922 гг.), педагога Константина Дмитриевича Ушинского (1824–1870 гг.) и др.