Но братия опротестовала это распоряжение, и митрополиту Варлааму (Ясинскому) пришлось хлопотать об окончательной передаче Киевского Выдубицкого монастыря при помощи царской администрации в Киеве (19 сентября 1690 г.; новая царская грамота от 28 марта 1691 г.), которая убеждала, что митрополит «никаковые тому монастыреви обид или разорения не творит…, но паче желает построити, лучше да будет вся церквою каменна сеже ныне половина каменна, а половина деревинна» (Институт рукописей Национальной библиотеки Украины имени В.И. Вернадского). В 1696–1709 гг., при игумене Варлааме (Страховском), близ Киевского Выдубицкого монастыря были открыты залежи высококачественной строительной глины, и устроены кирпичные заводы. Игумен получил универсал гетмана Ивана Ильича Скоропадского на подтверждение владений монастыря (включая новые, подаренные И.С. Мазепой). В апреле 1706 г. митрополит Варлаам (Ясинский) от своего и последующих Киевских митрополитов имени письменно отказался от прав на Киевский Выдубицкий монастырь, его владения и имущество. Гетман И.С. Мазепа выдал обители около 10 универсалов с подтверждением старых и дарованием новых землевладений. По преданию, в 1706 г. Киевский Выдубицкий монастырь посетил Пётр I. Целью визита было предполагаемое строительство укреплений на подступах к Киеву. По мнению исследователей, вследствие этого посещения царским указом в марте 1708 г. Киевский Выдубицкий монастырь был подчинён Киевскому митрополиту Иоасафу (Кроковскому; Институт рукописей Национальной библиотеки Украины имени В.И. Вернадского). Эта зависимость прекратилась в 1718 г., после вызова на допрос в Санкт-Петербург и кончины митрополита Иоасафа. В 1719 г. попытку подчинить себе Киевский Выдубицкий монастырь с владениями предпринял печерский архимандрит Иоанникий (Сенютович), но выдубицкий настоятель (1711–1719 гг.) игумен Лаврентий (Горка) при поддержке митрополита Феофана (Прокоповича) и гетмана И.И. Скоропадского не допустил реализации этого замысла. От времени игуменства Лаврентия (Горки) сохранилось напрестольное Евангелие в окладе (1716 г.) и потир (1715 г.), изготовленные киевским ювелиром Иваном Андреевичем Равичем. В 1729 г. гетман Даниил Павлович Апостол выдал универсал с подтверждением земельных владений обители. Сохранилось напрестольное Евангелие с гербом гетмана Д.П. Апостола и его дарственной надписью. При игумене Феодосии (Хоменском) началась традиция погребения игуменов в соборе в честь Чуда архангела Михаила в Хонех (1701 г.). В 1737 г. в нём был похоронен и сам игумен Феодосий. В 1737–1739 гг. Киевский Выдубицкий монастырь возглавлял игумен Тимофей (Щербацкий), будущий митрополит Киевский, а затем Московский. Впоследствии митрополит Тимофей (Щербацкий) безуспешно испрашивал разрешение поселиться в Киевском Выдубицком монастыре на покое. Митрополит Тимофей (Щербацкий) прислал в Киевский Выдубицкий монастырь позолоченный и украшенный драгоценными камнями посох. 8 октября 1745 г. настоятель (1739–1747 гг.) игумен Гавриил (Леопольский) получил у царицы Елизаветы Петровны генеральное подтверждение на владения монастыря (Центральный государственный исторический архив Киева). Этот документ был необходим в ходе судебных тяжб за выдубицкие имения (особенно днепровский перевоз) с Печерским монастырём.