Киевский Выдубицкий монастырь стал первой обителью Российской империи, где в конце XIX в. в трапезной было проведено пневматическое отопление (горячим воздухом), что позволило решить проблему сырости и холода и в трапезной, и в церкви. Одновременно архимандрит Евлогий осуществил капитальный ремонт Георгиевского собора; обновил иконостасы всех храмов и росписи в старинном соборе и трапезной; перестроил настоятельский корпус и кельи; оборудовал специальное здание для библиотеки и архива; принимал участие в археологических раскопках близ Михайловского храма. Среди ктиторов, привлечённых архимандритом Евлогием, – П.С. Соломка и графиня М.К. Нирод. 29 декабря 1909 г. Евлогий просил митрополита Флавиана (Городецкого) уволить его от настоятельства «как совершенно старчески расслабленного» и разрешить поселиться при братской больнице в маленькой комнатке с перегородкой вместе с его келейником (Центральный государственный исторический архив Киева). Архимандрит Евлогий был погребён у северной стены Георгиевского собора. С 1910 г. Киевским Выдубицким монастырём управлял наместник – викарий Киевской епархии, епископ Черкасский Назарий (Блинов). Обитель была переведена в ранг первоклассной. Епископ Назарий (Блинов) подготовил монастырь к несостоявшейся эвакуации в 1915 г., принимал в обители беженцев-галичан и военные формирования на постой, организовал военный госпиталь. В 1914–1918 гг. казначей иеромонах Митрофан вёл летопись монастырских событий, которая указывает на попытки разграбить имущество обители и насельников. В январе 1918 г. красные отряды Михаила Артемьевича Муравьёва во время штурма Киева разорили монастырское имущество на хуторе Круглик. Мародёры захватили Зверинец, разграбили монастырь, расхитили имущество епископа Назария и иеромонаха Митрофана. 6 июня 1918 г. Киевский Выдубицкий монастырь пострадал в результате взрыва пороховых складов на Зверинце: на всех каменных строениях возникли трещины, снесло кресты, купола храмов и кровлю, были выбиты все двери и окна. В конце 1918 г. в монастыре проживало 14 иеромонахов, 12 иеродиаконов, 12 монахов и три духовных лица на покое, 12 послушников, восемь работников и 16 работниц. Настоятелем оставался епископ Назарий. В конце 1918 – начале 1919 гг. войска Директории вновь разграбили хозяйство монастыря в Круглике: реквизировали продовольствие, скот и орудия труда. Весной 1919 г. представители большевистской власти конфисковали капиталы в банках, реквизировали продовольствие и личное имущество братии, кирпичный завод и монастырскую мельницу. 28 марта погиб послушник Симеон Приходько, который был послан сообщить властям о нападении бандитов и грабеже монастыря. Войска Добровольческой армии Антона Ивановича Деникина также реквизировали оставшееся продовольствие и имущество в Круглике и потребовали материальной поддержки армии. Монахи основали «Киево-Выдубицкую сельскохозяйственную и ремесленную коммуну» в составе 75 человек. Все насельники именовались «коммунарами»: епископ Назарий числился писарем Назарием Михайловичем Блиновым, казначей иеромонах Митрофан – Митрофаном Ивановичем Шенкарёвым, экклесиарх иеромонах Спиридон – Спиридоном Марковичем Глухеньким, остальные монахи определялись как чернорабочие, кузнецы, садовники, стекольщики, столяры, слесари. Всего в коммуне значилось 75 человек: 66 мужчин и 9 женщин («работают по огородничеству и стирке белья»; Центральный государственный исторический архив Киева).