Настоятель (1747–1753 гг.) игумен Викентий также в 1748 г. обращался к императрице за подтверждением владений, в том числе перевоза, который пыталась захватить лавра (Центральный государственный исторический архив Киева). Весной 1760 г. в Киевском Выдубицком монастыре сгорела трапезная с церковью и значительно выгорел (из-за деревянного покрытия и деревянной алтарной стены) древний Михайловский собор. Митрополит Арсений (Могилянский) регулярно выдавал обители грамоты на право собирать милостыню в Запорожье и по всей митрополии для восстановления собора. Известный своими проповедями митрополит настоял на регулярном проповедничестве во всех киевских храмах и обителях (в том числе в Киевском Выдубицком монастыре), который приглашал для этого академических профессоров. Первый историк Киевского Выдубицкого монастыря настоятель (1767–1774 гг.) игумен Иаков (Воронковский) в 1767 г. составил полную опись монастырского имущества, завёл приходно-расходные книги, создал подробную инструкцию для управляющих монастырскими имениями, собрал в различных учреждениях и библиотеках копии утраченных документов (с начала XVI в.). 18 июня 1771 г. игумен Иаков подал на имя Екатерины II челобитную о помощи старинной обители. После его кончины библиотека и ценный архив были переданы в обитель (сохранились лишь отдельные книги и рукописи: Центральный государственный исторический архив Киева). В 1760–1765 гг., при игумене Митрофане (Горленко), младшем брате Белгородского епископа Иоасафа (Горленко), и игумене Сифе (Гамалее; ум. 24 февраля 1767 г.), в соборе и монастыре велись ремонтные работы, которые завершились в 1774–1781 гг., при игумене Мелхиседеке (Значко-Яворском). После кончины игумена Сифа в Киевский Выдубицкий монастырь поступили сребропозлащённые большой крест с частицами мощей 18 святых и подписями к каждой частице; наперсный крест с четырьмя камнями и цепью; деревянная панагия в серебряной оправе. Личную казну, а также движимое имущество скончавшегося игумена Сифа Духовный собор 24 июня 1767 г. постановил потратить на возобновление Михайловской церкви и других построек. Последним досекуляризационным игуменом с 26 марта 1783 г. был Иероним (Блонский). В послужном списке 1787 г. он отметил, что обитель он «возобновил и украсил» (Центральный государственный исторический архив Киева). Однако документы времён игуменства Иеронима не фиксируют строительной деятельности. В 1791 г. игумен Иероним был возведён в сан архимандрита киевского Златоверхого монастыря. В описании выдубицкой ризницы указано, что игумен Иероним приказал перешить ризу из чёрного атласа в мантию и взял её с собой при переходе в Златоверхую обитель; именно в этой мантии его положили в гроб. В завещании от 1 января 1794 г. он поручал в «Сохранную казну Московского опекунского совета» 2 тыс. руб., с тем чтобы ежегодно из процентной суммы 45 руб. передавалось в Киевскую Академию и 45 руб. – в Киевский Выдубицкий монастырь, однако исключительно «в братскую кружку на раздел братии». В 1786 г. по инициативе митрополита Самуила (Миславского) Киевский Выдубицкий монастырь был лишён земельных владений, переведён в третий класс и обращён в больницу для старых и больных монахов.