Киевский Выдубицкий монастырь возглавил брат игумена Игнатия, Климентий (Старушич), получивший королевский привилей на игуменство 15 апреля 1652 г. В середине XVII в. наблюдается усиление роли игуменов в управлении обителью. В то же время почти все гетманы как Правобережной, так и Левобережной Украины выдавали охранительные универсалы на владения и имущество обители, делали вклады и жаловали земли. Заручившись рекомендательным письмом гетмана Богдана Михайловича Хмельницкого, в 1654 и 1658 гг. игумен Климентий испрашивал милостыню у царя Алексея Михайловича (Институт рукописей Национальной библиотеки Украины имени В.И. Вернадского). Игумен Климентий уговорил Киевского митрополита Сильвестра (Косова) отказаться от прав непосредственного управления обителью и её имениями, в 1658 г. испросил подтверждение всех прав монастыря у гетмана Ивана Евстафьевича Выговского, но после лишения его власти добился передачи обители в 1660 г. конфискованных у него сёл Рожны и Лесники. Игумен Климентий привлёк в Киевский Выдубицкий монастырь нового ктитора – миргородского полковника Григория Софоньевича Лесницкого (среди его даров – сохранившееся Евангелие в драгоценном окладе). Игумен Климентий был похоронен в склепе Михайловской церкви. Погребение было обнаружено в 1972 г., в нём найден резной кипарисовый крест. При настоятеле (1664–1668 гг.) св. игумене Феодосии (Углицом) гетман Пётр Дорофеевич Дорошенко утвердил во владении монастыря «навечно» село Лесники, а гетман Юрий Борисович Хмельницкий передал две мельницы на Десне. В Киеве на Подоле игумен Феодосий приобрёл подворье, а в мозырских владениях обители на острове Михайловщина основал скит. Игумену Феодосию, как и его предшественникам, пришлось отстаивать право перевоза через Днепр, на которое претендовал Киево-Печерский монастырь. Позже, в 1684–1685 гг., пребывая в Чернигове, он выхлопотал для Киевского Выдубицкого монастыря у царя напрестольное Евангелие. Игумен Пахомий (Подлузский), сменивший Феодосия, был одновременно ректором Киевского коллегиума и настоятелем Киевского Выдубицкого монастыря. 19 января 1690 г. гетман Иван Степанович Мазепа выдал ему подтвердительный универсал на все владения монастыря. В 1688 г. митрополит Гедеон (Святополк-Четвертинский), при котором Киевская митрополия была подчинена Московскому патриархату, добился царского разрешения на передачу Киевского Выдубицкого монастыря со всем его имуществом и владениями в собственное распоряжение как загородной резиденции. Митрополит Гедеон просил «присоединить» Киевский Выдубицкий монастырь к Софийскому митрополичьему дому, но получил отказ; в царском указе напоминалось о древности княжеской обители и её многовековом самостоятельном существовании. Тем не менее, митрополит вывез её казну и архив в киевский Софийский монастырь. При Киевском митрополите Варлааме (Ясинском) Киевский Выдубицкий монастырь был приписан к Софийскому митрополичьему дому «для лутчаго ему митрополиту упокоения» (Институт рукописей Национальной библиотеки Украины имени В.И. Вернадского).