В 1942 г. была возобновлена монашеская жизнь на нижней территории лавры, наместником был назначен уставщик архимандрит Валерий (Устименко), и в Крестовоздвиженской церкви вновь зазвучал киево-печерский напев. В 1961 г. монастырь был закрыт во второй раз, богослужебная традиция переместилась в частные квартиры: в Житомире совершал службы с киево-печерским напевом насельник лавры с 1921 г. архимандрит Спиридон (Лукич), в Киеве – уставщик архимандрит Феодосий (в схиме Антоний). Во Владимирском соборе службы с киево-печерским напевом нерегулярно звучали в исполнении старых певчих лавры. Каждое из таких богослужений было событием для верующих Киева. Большую работу по возрождению киево-печерского напева провёл первый наместник Киево-Печерской лавры после её возобновления в 1988 г. иеромонах (в настоящее время архиепископ) Ионафан (Елецких): были проанализированы граммофонные записи хора 1910 г., магнитофонные записи 1958–1960 гг., упорядочены нотные архивы архимандритов Валерия (Устименко) и Феодосия. Многое для восстановления мелодического предания монастыря сделал архимандрит Спиридон (Лукич), чьи воспоминания об особенностях лаврского богослужебного устава и пения были записаны монахиней Лаврентией (Черновой). В возрождённой обители было создано два хора – братский и из приглашённых профессиональных певчих. Основную нагрузку нёс профессиональный хор, который в праздники разделялся на два лика. Регентом хора приглашённых певчих был Б.И. Орлов. Одними из первых регентов братского клироса были иноки Владимир (Линенко; впоследствии архимандрит Поликарп, уставщик Киево-Печерской лавры) и Павел (Письменный; впоследствии архимандрит Спиридон, насельник Свято-Троицкого Ионинского монастыря). Хоры стремились возродить дух лаврского пения. Живой опыт стилевых особенностей киево-печерского напева передал возвратившийся в лавру схиигумен Агапит (Кармаз), до 1961 г. служивший там канонархом. Наиболее ранние формы киево-печерского напева, записанные киевской нотацией, исследователи нашли в Супрасльском Ирмологионе 1596–1601 гг. (Национальная библиотека Украины имени В.И. Вернадского) – древнейшей датированной юго-западнорусской нотолинейной рукописи, содержащей переводы крюковых образцов южнорусской редакции знаменного распева. По мнению Анатолия Викторовича Конотопа и Е.Ю. Шевчук, пение Супрасльского монастыря, основанного в 1498 г. монахами из Киево-Печерской обители, отражает киево-печерскую богослужебную монодийную традицию XVI в. С середины XVII в. Супрасльский Ирмологион находился в Ближних пещерах (преподобного Антония), а в 1718 г. был передан лаврской библиотеке, что зафиксировано в её реестре. Закапанные воском, потёртые страницы этой рукописи указывают на её частое использование в богослужении. Хранение рукописи именно в пещерном храме (а не на клиросе, например, Великой лаврской церкви Успения Пресвятой Богородицы) и передача её в начале XVIII в. в архив монастыря свидетельствуют, по мнению исследователей, с одной стороны, о монодийной традиции пения в пещерах в середине XVII в. (и существовании отличных от неё напевов в наземных храмах), с другой – о новых стилевых изменениях распева в начале XVIII в.