При этом Прохор Кидонис, как полагают исследователи, намеренно избегает (в том числе и в неизданных сочинениях) вопроса о природе первоначального Адама: был ли свет, свойственный первому человеку, божественной славой, окружавшей его извне, или являлся свойством природы, не запятнанной грехом, и воспринял ли Христос природу первого Адама? Согласно позиции Иоанна Кантакузина, если бы Фаворский свет был светом, исходившим от безгрешной человеческой природы, то в этом не было бы ничего удивительного, и этот свет не назывался бы божеством. Свет был свойствен ипостаси Слова Божия и соделывал тело Христа световидным, но Господь сдерживал, наподобие солнца, лучи, приоткрыв их во время Преображения. Как следует из «Апологии», Прохор Кидонис, наоборот, отрицал, что телу Христа был изначально присущ некий свет. По его мнению, если бы у Христа было изначально какое-то особое световидное или прозрачное тело, словно стеклянное, чтобы пропускать свет божества, то Он был бы иноприроден нам. У такого тела не было бы нужды в воскресении, поскольку оно изначально было бы нетленным, как полагали Юлиан Галикарнасский и Гайан Александрийский. Такая позиция согласуется и с акцентом, сделанным Прохором Кидонисом в «Апологии» на «подобии греха», воспринятом Христом, т.е. на последствиях грехопадения кроме самого греха. Тем самым Прохор Кидонис объединяет разные представления о Фаворском свете, бытовавшие среди антипаламитов, не внося окончательной ясности в поставленные ранее вопросы о природе Фаворского света и избегая «антропологического корректива» Исаака Аргира. По мнению исследователей, Прохор Кидонис не смог остановиться на какой-либо одной позиции из числа многих, высказывавшихся антипаламитами, сходясь с противниками богословия Григория Паламы лишь в одном общем мнении, что абсолютно нетварный свет не может быть никоим образом видим. Этим исследователи объясняют те противоречия, которые находил в сочинениях Прохора Кидониса патриарх Филофей Коккин. Тем не менее, Прохор Кидонис подошёл критически к сложной проблеме, превосходящей силы одного человека, и постарался изложить свой взгляд с учётом высказывавшихся ранее позиций как греческих, так и латинских авторов. Новыми в полемике стали доводы Прохора Кидониса со ссылкой на Августина Блаженного, что поскольку не только праведники, но и грешники узрят свет, то этот свет не является нетварным. Мнение о видении сущности Божьей праведниками после всеобщего воскресения заимствовано Прохором Кидонисом у Фомы Аквинского. Как и Димитрий Кидонис, переводы с латыни Прохор Кидонис делал исключительно в полемических целях и использовал непосредственно в своих сочинениях. Так, переведённые им письма Августина Блаженного связаны с темами спасения, суда и блаженного видения. Исследователи отмечают, что в целом богословие Прохора Кидониса знаменовало собой новую стадию паламитских споров, вышедших на иной уровень благодаря аккумуляции доводов предыдущих антипаламитов и соединению их с аргументацией, заимствованной у латинских отцов церкви и схоластов. Если богословские взгляды старшего брата Прохора Кидониса Димитрия Кидониса, который был во многом первопроходцем, отличались большей широтой, охватом и цельностью, то в сочинениях Прохора Кидониса были более детально разработаны отдельные вопросы, посвящённые исключительно паламитской проблематике и оставлявшие за рамками общие вопросы о церковном предании, экклезиологии и Filioque. Проблемы, затронутые Прохором Кидонисом, стали предметом обсуждения в сочинениях Иоанна Кантакузина и Феофана Никейского.