В середине 1367 г. Прохор Кидонис оставил Лавру, пребывание в которой стало для него непереносимым, и прибыл в Константинополь. Он дал показания патриарху Филофею Коккину на двух аудиенциях (вторая состоялась 15 ноября) в присутствии Эфесского митрополита Феодорита. Прохор Кидонис на этот раз лично представил патриарху свои сочинения. На вопрос о богословском учении, зафиксированном в томосе 1351 г., ответил, что имеет некоторые сомнения, но готов подчиниться мнению церкви. Тогда патриарх Филофей потребовал от Прохора Кидониса открыто исповедовать согласие с томосом, после чего он даст ему все необходимые догматические разъяснения. Ознакомившись затем с фрагментами из сочинений Прохора Кидониса «Опровержение томоса 1351 г.» и «О сущности и энергии» (цитаты из них и краткие реплики патриарха Филофея см. в томосе 1368 г.), патриарх счёл, что они «исполнены всякого нечестия и суть порождения диавола». Кроме того, ему не понравились схоластическая форма изложения (утверждения – возражения – разрешения противоречий) и использование «аристотелевских силлогизмов». Прохор Кидонис повторил, что готов слушаться учения церкви, но не знает, в каких отеческих творениях Фаворский свет буквально называется нетварным. Патриарх Филофей снова предложил Прохору Кидонису подписать томос 1351 г., согласный со святоотеческим преданием, и письменно отречься от своих сочинений. Тот ответил, что написать опровержение своих сочинений не может, поскольку писал то, что думает, и говорит то, что говорит церковь. По словам патриарха Филофея, Прохор Кидонис согласился с его предложением остаться в столице и провести зиму в чтении деяний шестого Вселенского собора, а также «Диспута с Пирром» Максима Исповедника и «Точного изложения православной веры» Иоанна Дамаскина (все эти сочинения были цитированы в томосе 1351 г.), но другим людям Прохор Кидонис говорил, что прекрасно знаком с этими книгами и не видит смысла в их повторном чтении, поскольку патриарх Филофей отсылает к ним, сам будучи не в состоянии разрешить апории, указанные в сочинениях Прохора Кидониса. После этого Прохор Кидонис написал Иакову Трикане, вскоре скончавшемуся (примерно в апреле 1368 г.), послание, в котором обличал краткое (из семи пунктов) исповедание веры монахов-афонитов, составленное приблизительно весной 1367 г. В этом исповедании Прохор Кидонис нашёл четыре ереси: 1) люди поистине становятся богами, как Христос реально и истинно стал человеком; 2) пророки видели Бога истинно и реально, а не образно-символически (ведь если Бог, являвшийся под видом леопарда, льва, агнца, жемчуга, восседающего на престоле Ветхого денми, на самом деле таков, то что может быть более чуждого вере христиан?); 3) Фаворский свет не был одновременно тварным и нетварным, смертным и бессмертным, временным и вечным (отрицая это, монахи, видимо, не ведают двоякости природы Христа и единства ипостаси); 4) действие Божие видимо как свет. По словам Прохора Кидониса, с ним были согласны члены синода, хотя, несомненно, он выдавал желаемое за действительное. В этом же письме Прохор Кидонис обвинил игумена Лавры в неканонических действиях, поскольку тот праздновал память Григория Паламы, не имея на то официального разрешения. Монахи, собравшиеся вместе с епископом Иерисским Давидом и игуменом Лавры, прочитав это послание и переслав его патриарху, анафематствовали Прохора Кидониса как «неисправимого нечестивца».