Богословские взгляды Прохора Кидониса исследователи излагают на основе краткого обзора некоторых сочинений. Первые пять книг трактата «О сущности и действии» («De essentia et operatione») исследователи признают на 80-90% выдержками из разных сочинений Фомы Аквинского (прежде всего, «De potentia», «Summa contra Gentiles», «Summa Theologiae»), по большей части буквальными. Цитаты организованы (по образцу схоластических сочинений) таким образом, чтобы опровергнуть паламитское различие между сущностью и энергией. По мнению Х. Триандафиллопулоса, подобная компиляция отнюдь не говорит о недостаточных богословских способностях Прохора Кидониса или его неспособности оригинально мыслить, как полагал С.Г. Пападопулос. Скорее всего, по мнению исследователей, это – намеренный способ противопоставить Фому Аквинского Григорию Паламе как один авторитет другому. Оригинальной исследователи считают лишь шестую книгу. Она исходит из вывода о тождестве сущности и энергии, полученного в первых пяти книгах, и организована по тому же схоластическому образцу с вопросами и аргументами pro et contra. Сначала постулируется, что ничто не существует в Боге как в субъекте: ни как субстанциальная форма, ни как акциденция, – а потому и свет не находится в сущности Божьей как в субъекте. Затем допускается обратное с выводом, что свет нетварен, и это допущение подкрепляется 11 святоотеческими цитатами с толкованиями в пользу паламитов. После этого формулируются ответы contra и, наконец, рассматриваются, но уже в другом ключе, приведённые выше святоотеческие цитаты. В числе аргументов contra фигурируют следующие доводы. 1) Фаворский свет – тварный, поскольку апостолы понимали, что видят, а в таком случае, по Иоанну Дамаскину, свет был чем-то из сущего и познаваемого и, стало быть, тварным. 2) Мышление выше зрения. Фаворский свет был видимым. Как Христос трояк: из тела, души и божества, так и созерцается трояко: чувственным образом, мысленным и сверхмысленным; свет был ниже мышления, а потому не находится в сущности Божьей и не нетварен. 3) В Боге нет сказуемого и подлежащего, и всё, что при Боге, не находится в сущности Божьей. 4) То, что по божественному обетованию будет узрено праведниками, не будет видимо лукавыми, но и лукавые увидят тот свет при воскресении, согласно Августину Блаженному. Поэтому это не то, что увидят лишь чистые сердцем. Итак, то, что узрят нечестивые, не есть свет в сущности Божьей. 5) Августин Блаженный говорит, что зрение славы Божьей общее у нечестивых и праведных, а потому этот свет не нетварный. В главе 4 Прохор Кидонис возобновляет рассмотренную в книге II тему, что термины, прилагаемые к Богу и творениям, являются аналогиями, а не омонимами или синонимами. Последователи Григория Паламы, по мнению Прохора Кидониса, ошибаются, введённые в заблуждение омонимией, поскольку и Фаворский свет, и Сам Бог называются светом. Также заблуждаются они, полагая, что не существует тварного божества (тогда не было и тварных царей, раз Бог тоже называется Царём и Господом). Некоторые богоявления (например, Иоанну Богослову в Откровении) были через ангелов. В гл. 14, разбирая часто цитируемое паламитами место из сочинения Григория Богослова, Прохор Кидонис говорит, что святитель поставил свет Преображения на третье место после света Троицы, ангелов, людей и звёзд и после света, возникающего и проходящего, как, например, путеводствовавшего Израилю или волхвам.