В ответ на вопрос Иакова Триканы патриарху Филофею, допустимо ли совершать богослужебное празднование в честь Григория Паламы, он получил синодальное решение в конце февраля – начале марта 1368 г. об установлении в Великой церкви празднования памяти Григория Паламы. Вследствие всех этих событий патриарх счёл необходимым созвать Собор 1368 г. (по версии Димитрия Кидониса, Прохор Кидонис не знал, что речь идёт о Соборе, но думал, что это будет продолжением предыдущих частных аудиенций). Собор осудил Прохора Кидониса, изверг его из сана и отлучил от церковного общения. В случае покаяния он мог быть допущен ко причастию, но лишь как простой мирянин (подробно о ходе разбирательств см. в ст. Константинопольские соборы). О дальнейшей судьбе Прохора Кидониса нет никаких известий. Исследователям неясно, получил ли он письмо Димитрия Кидониса, отправленное из Рима в конце 1369 – начале 1370 гг. Прохор Кидонис умер (он был лишён церковного погребения) приблизительно в 1370 г. – до того как в середине 1371 г. его брат вернулся в Константинополь. Уже после смерти Прохора Кидониса Иоанн Кантакузин завершил окончательное редактирование двух «Опровержений» сочинений Прохора Кидониса. Первое «Опровержение» Иоанна Кантакузина (начальный вариант написан до Собора 1368 г.) посвящено полемике с шестой книгой сочинения «О сущности и энергии» относительно Фаворского света; второе – полемике с 14 доказательствами Прохора Кидониса (в виде святоотеческих цитат) о тождестве сущности и энергии в Боге. С обоих «Опровержений» было по повелению Иоанна Кантакузина сделано много копий, что вызвало негодование Димитрия Кидониса. Опровержению трактата Прохора Кидониса «О положительном и отрицательном способе богословия» и шестой книге сочинения «О сущности и энергии» посвящено сочинение митрополита Феофана Никейского «Пять слов о Фаворском свете» (прежде всего, последнее, пятое Слово). В некоторых местных греческих версиях «Синодика в Неделю Православия» на основании томоса 1368 г. была добавлена следующая анафема (время внесения её исследователям неизвестно): «Лжемонаху Прохору Кидонису, не только лукаво и безбожно ставшему преемником Варлаама и Акиндина и учившему согласно с ними, что общая божественная благодать и природная сила и действие триипостасного божества тварна, подобным же образом мнившему сотворённым и свет, воссиявший от Господа и Бога и Спаса нашего Иисуса Христа на горе при божественнейшем Преображении, который все святые богословы и богоносные отцы наши, богословствуя, воспевают и провозглашают божественной славой, сиянием и царствием Божьим, нетварным божеством, светом неприступным, безграничным, божественным светолитием, неуразумеваемым и неизреченным, – но и написавшему дерзкими рукой и мыслью против прочих апостольских и отеческих догматов Христовой Церкви, чего не дерзал никто другой из еретиков за всё время, лаявшему, что воспринятое Богом Словом, то есть владычняя плоть Господа нашего Иисуса Христа, где обитала вся полнота божества телесно (Кол. 2:9), была облечена до восшествия на крест в начала и власти (ср.: Кол. 2:15), т.е. в бесов; итак, таковому Прохору, соборно изобличённому, когда были предъявлены его сочинения, и не захотевшему написать в опровержение этого другие сочинения, когда (от него это) потребовали, или предать (их) анафеме, но упорствовавшему в таковых нечестиях и в них исторгшему несчастную душу, – анафема».