Сочинения: Оригинальные. 1. «О сущности и энергии» («De essentia et operatione») в шести книгах. Первые две книги изданы Я. Гретцером в 1616 г. по рукописи, где трактат приписан Григорию Акиндину; переиздано с исправлениями и дополнениями (по рукописи, тоже под именем Акиндина). 2. «Об отцовстве и сыновстве в Боге» (не издано). 3. Ответ афонским монахам-паламитам о божественной сущности и действии, Фаворском свете и др. (не издано). 4. «О положительном и отрицательном способе богословия и о Господнем богоявлении на горе (Фавор)» («De lumine Thaborico («De theologia cataphatica et apophatica»); издано; написано после 1365 г.). 5. «Опровержение злоупотребления (святоотеческими) цитатами в томосе (1351 г.) против (Матфея) Эфесского и (Никифора) Григоры». Название трактата исследователи восстанавливают благодаря цитатам из него (вместе с цитатами из трактата «О сущности и энергии») в актах процесса 1368 г. Частично цитируется также у Иоанна Кантакузина. Сохранился лишь фрагмент (заключительная часть) в рукописи. По мнению исследователей, сочинение было разделено на главы в соответствии со святоотеческими цитатами в томосе 1351 г. 6. «Апология против Филофея Коккина в защиту Прохора Кидониса» («Apologia pro Proсhoro Cydonio»). Написана Прохором Кидонисом при возможном участии Димитрия Кидониса (по другой версии, написана Димитрием Кидонисом от лица Прохора). 7. Антология из 14 святоотеческих цитат (сохранилась в составе Refut. II 1 Иоанна Кантакузина); по мнению издателей, написана вскоре после Собора 1368 г. 8. «Об уничижении и славе Тела Христова». Об этом сочинении Прохор Кидонис упоминает в трактате «О положительном и отрицательном способе богословия и о Господнем богоявлении на горе (Фавор)». Трактат утерян; по предположению И. Полемиса, из этого сочинения сохранились цитаты в одном месте томоса 1368 г. 9. Письма. Не сохранились. Цитаты из двух писем есть в Томосе 1368 г. Одно из них – письмо патриарху Филофею. Написано весной 1367 г. (фрагмент из него сохранился также в Апологии 3 Димитрия Кидониса). Другое письмо – игумену Лавры Иакову Трикане (написано в ноябре-декабре 1367 г.). Переводы с латыни: I. Сочинение Боэция «О различных типах умозаключений» («De topicis differentiis»). Прохор Кидонис перевёл только первые две книги из четырёх (автограф Прохора Кидониса в рукописи). II. Аврелия Августина. 1. Письма (некоторые переведены лишь частично; автограф Прохора Кидониса в рукописи). 2. «О свободе воли» («De libero arbitrio»; автограф Прохора Кидониса в рукописи). 3. «О десятословии и египетских казнях» («De decem verbis legis et plagis Aegyptiorum»), приписываемое Августину Блаженному (проповедь 100 Кесария Арелатского). 4. «Об истинной религии» («De vera religione»). 5. «О блаженной жизни» («De beata vita»); не издано (фрагменты, автограф Прохора Кидониса). 6. Enchiridion; не издано. Сохранились лишь два фрагмента (частично – автограф Прохора Кидониса). III. Фомы Аквинского (все переводы не изданы). 1. «О вечности мира» («De mundi aeternitate»). 2. «Вопрос о духовных созданиях» («Quaestio de spiritualibus creaturis»). 3. «О потенции» («Quaestio de potential»). 4. 82 главы из «Суммы богословия» (автограф Прохора Кидониса). 5. Предисловие к комментарию к «Метафизике» Аристотеля (автограф Прохора Кидониса). 6. Разные фрагменты. IV. Других авторов. 1. Предисловия Иеронима Стридонского к Библии; сохранились фрагментарно к Книгам Иисуса Навина, Царств, Паралипоменон в рукописи (автограф Прохора Кидониса). 2. Комментарий Гервея Наталиса (ум. в 1323 г.) к сентенциям Петра Ломбардского (не издан; автограф Прохора Кидониса).