В нём он впервые озвучил тезис, ставший основанием его богословия 1520 гг.: «Неучёные и простые миряне понимают в духовных вещах намного больше, чем учёные теологи»; таким образом, разумное содержание вероучения должно быть подчинено «духовному чувству». Лейтмотивом комментария стало традиционное для немецкого религиозного мистицизма учение о том, что спасение невозможно без страданий, «несения креста», «отрешённости» («Gelassenheit»), т.е. отречения человека от себя и от мира. Постепенно склоняясь к отказу от «учёной теологии», А.Р. Карлштадт вместе с тем ещё не был готов к окончательному разрыву с ней. К 1519 г. богословская дискуссия виттенбергских теологов и И. Экка достигла кульминации: по взаимному согласию в Лейпциге при поддержке местного университета и герцога Саксонского Георга Бородатого (1471–1539 гг.) был организован публичный диспут. Предполагалось, что оппонентом И. Экка на нём будет А.Р. Карлштадт, однако М. Лютер настоял на том, чтобы его также допустили к участию в диспуте. Как при подготовке диспута, так и в ходе его проведения выявилось принципиальное различие стремлений А.Р. Карлштадта и М. Лютера: А.Р. Карлштадт желал опровергнуть «учёную теологию» И. Экка и предложить в качестве альтернативы «евангельское» учение о спасении; М. Лютер рассматривал диспут как подходящее место для очередной атаки на Римский престол, предложив для обсуждения И. Экку тезисы, касавшиеся папского примата. А.Р. Карлштадт внутренне соглашался с озвученной в этих тезисах критикой папства, но осознавал, что последствием такой критики будет окончательный разрыв с католической церковью, и считал необходимым проявить осторожность и не обострять и без того взрывоопасную ситуацию. Официальное начало диспута состоялось 27 июня 1519 г. В качестве слушателей в Лейпциге присутствовало значительное число студентов и преподавателей различных университетов Германии. С приветственной речью на церемонии открытия выступил лейпцигский учёный-гуманист Пётр Мозеллан (1493–1524 гг.), в одном из писем которого сохранилось краткое описание участников диспута, в том числе и А.Р. Карлштадта. По утверждению П. Мозеллана, А.Р. Карлштадт был хрупкого телосложения, имел тёмную кожу и смуглое лицо; его речь была тихой и неразборчивой; в ходе диспута обнаружилось, что у него крайне плохая память и раздражительный характер. Дискуссия И. Экка и А.Р. Карлштадта заняла несколько сессий с 27 июня по 3 июля; с 4 по 14 июля шёл диспут между И. Экком и М. Лютером по вопросу о папском примате; 14 и 15 июля состоялись два заключительных обмена мнениями между И. Экком и А.Р. Карлштадтом. Поведение И. Экка и А.Р. Карлштадта на диспуте было разным: И. Экк вёл рассуждение легко и свободно, пленяя присутствующих красноречием и начитанностью, А.Р. Карлштадт излагал свои мысли отрывисто, то и дело зачитывал по книгам длинные фрагменты из сочинений отцов церкви и придирался к каждому выражению И. Экка, требуя уточнений и следя за тем, чтобы секретари правильно записывали все озвучиваемые тезисы. С точки зрения содержания в центре диспута был вопрос о человеческой воле: А.Р. Карлштадт считал, что в деле спасения ей отведена лишь пассивная роль «покорности Богу», И. Экк настаивал на том, что воля активно содействует божественной благодати и сотрудничает с ней, в том числе при совершении необходимых для спасения добрых дел.