При оценке значения религиозной деятельности и взглядов А.Р. Карлштадта для развития протестантизма исследователи выделяют два аспекта его влияния: богословский и церковно-организационный. Наиболее сильным влияние А.Р. Карлштадта на протестантизм было при его жизни: его идеи распространялись как через его сочинения, так и в ходе его общения со многими лидерами реформационного движения в Германии и Швейцарии. Будучи оригинальным и самостоятельным богословом, А.Р. Карлштадт «смог выявить возможности синтеза различных богословских направлений», которые в его время обычно противопоставлялись друг другу (августинизма, лютеранства, схоластицизма, мистицизма), продемонстрировав в своих сочинениях, что христианское богословие не ограничивается рамками какой-либо одной школы, но нацелено на творческий поиск наилучшего способа передачи богословской истины. В сложной ситуации формирования новых церковных организаций А.Р. Карлштадт в своём учении о церковной общине сумел избежать двух религиозно-политических опасностей: конформизма М. Лютера, ставившего религиозную общину в полную зависимость от благосклонного отношения к ней светской власти, и радикализма Т. Мюнцера, призывавшего к революционной борьбе с властью, к насильственному установлению нового «духовного порядка» и устроению земного «царства Божия». Не соглашаясь с этими крайностями, А.Р. Карлштадт обосновывал теоретически и стремился реализовать в своей деятельности практически путь «церковной демократии», т.е. признания необходимости консенсуса общины верующих и её полной автономии. Впоследствии именно путь, предложенный А.Р. Карлштадтом, был воплощён в жизнь во многих реформатских церковных организациях, что стало одним из наиболее важных факторов, повлиявших на успешное распространение протестантизма за пределами Германии. Ограниченность идейного влияния А.Р. Карлштадта после его смерти исследователи объясняют совпадением ряда факторов. А.Р. Карлштадт не основал собственной протестантской общины и не имел учеников, которые распространяли бы его сочинения и учение. В доминировавшем в Германии лютеранстве он воспринимался как «еретик» и «сектант»; подобное отношение к А.Р. Карлштадту сохраняется среди лютеран до настоящего времени. В швейцарском реформатском богословии идеи А.Р. Карлштадта оказались быстро вытеснены сходными по содержанию, но более ясно и последовательно выраженными с точки зрения формы теологическими концепциями лидеров так называемого второго поколения протестантизма: Г. Буллингера и Жана Кальвина (1509–1564 гг.). Вместе с тем А.Р. Карлштадт не был полностью забыт: его влияние прослеживается у многих лидеров раннего анабаптизма, воспринявших и творчески переработавших различные идеи его религиозно-мистических трактатов; в XVII в. некоторые сочинения А.Р. Карлштадта пользовались популярностью среди представителей протестантского пиетизма и повлияли на формирование пиетистского богословия. В настоящее время наследие А.Р. Карлштадта изучается и признаётся важным источником сведений по истории раннего реформационного вероучения в ряде протестантских церквей и общин (преимущественно относящихся к пресвитерианству и конгрегационализму, а также у некоторых баптистов и меннонитов), члены которых включают А.Р. Карлштадта в число провозвестников и зачинателей их религиозных традиций.