Хотя идейное влияние М. Лютера на А.Р. Карлштадта в это время не подлежит сомнению, исследователи обращали внимание и на обратное влияние: М. Лютер в письмах высоко оценивал работы А.Р. Карлштадта и нередко заимствовал из них нужные ему богословские формулировки. Вскоре после публикации тезисов И. Экк издал ответное сочинение «Защита против едких нападок Карлштадта» («Defensio contra amarulentas D. Andreae Bodenstein Carolstatini invectiones», 1518 г.), в котором сосредоточился на критике учения А.Р. Карлштадта о покаянии и человеческой воле. А.Р. Карлштадт ответил сочинением «Защита Карлштадта против Экка» («Defensio contra D. Joannis Eckii monomachiam»), где среди прочего решительно отвергал попытку И. Экка отождествить духовное покаяние с таинством покаяния, которое, по его мнению, есть лишь внешний знак примирения человека с Богом и ничего не значит без внутреннего преображения души благодатью. В конце 1518 г. А.Р. Карлштадт подготовил на основе читавшихся им в университете лекций программное сочинение «Об оправдании нечестивого» («De impii iustificatione»), в котором учение об оправдании было представлено им не в виде теологических тезисов, но как описание духовного пути оправдываемого Богом человека. Оправдание, согласно А.Р. Карлштадту, заключает в себе два основных элемента: с одной стороны, это смерть для греха, «схождение в ад», т.е. переживание собственной отделённости от Бога; с другой стороны – это воскресение, преображение и получение новой жизни в Боге. Необходимым условием получения оправдания является тотальное отречение человека от надежды на себя и на свои силы: «Праведность праведных проистекает из того, что они признают себя несовершенными, неправедными и грешными». Трактат открывается характерным отречением А.Р. Карлштадта от «современных теологов» («neotericus genus theologorum»), т.е. от католических схоластов. А.Р. Карлштадт признавался, что сам «напрасно» потратил много времени и сил на изучение их сочинений, и противопоставлял их «запутанные» взгляды простой истине Священного Писания. При этом он отвергал уже не только содержание схоластических богословских трактатов, но и сам схоластический метод богословствования, как якобы скрывающий истину при помощи многочисленных тонких «вопросов». Формировавшееся у А.Р. Карлштадта критическое отношение к «учёной теологии» и стремление к простому и общедоступному выражению собственных взглядов на спасение и оправдание человека нашли отражение в его сотрудничестве с художником и гравёром Лукасом Кранахом Старшим (1472–1553 гг.). По замыслу А.Р. Карлштадта весной 1519 г. Л. Кранах создал и отпечатал для продажи гравюру «Небесная и адская повозки» («Нimmelwagen und Höllewagen»), на которой были изображены две повозки: одна, ведомая «собственной волей», влекла сидящего на ней человека в ад; другая, руководимая «волей Божьей», доставляла христианина через самоотречение, страдания и крест в рай. А.Р. Карлштадт составил размещённые на гравюре многочисленные поясняющие подписи, а также выпустил отдельным изданием собственный комментарий к изображению, ставший его первым опубликованным сочинением на немецком языке («Außlegung und Lewterung etzlicher heyligenn geschrifften»).