После пресвитерской хиротонии А.Р. Карлштадт был назначен курфюрстом Фридрихом III Мудрым (1463–1525 гг.) на должность архидиакона Замковой церкви (с конца 1511 г.). Помимо обычных обязанностей по духовному окормлению паствы и надзору за церковной жизнью А.Р. Карлштадт в соответствии с установленным в Виттенберге порядком должен был регулярно произносить проповеди в Замковой церкви. Одновременно с этим А.Р. Карлштадт завершил теологическое образование: 13 ноября 1510 г. стал доктором теологии. Хотя ему было гарантировано место преподавателя теологии в Виттенбергском университете и церковная должность в капитуле Замковой церкви, А.Р. Карлштадт изъявил желание продолжить образование и получить докторскую степень в области права, что вызвало недовольство членов капитула, опасавшихся, что А.Р. Карлштадт не сможет из-за этого исполнять свои церковные обязанности. Исследователи приводили различные объяснения этого решения А.Р. Карлштадта: по мнению Г. Барге, учёная степень была нужна А.Р. Карлштадту для того, чтобы впоследствии иметь возможность претендовать на должность пробста в Замковой церкви, т.к. занимать её мог только доктор церковного права; согласно У. Бубенхаймеру, хотя подобная внешняя мотивация могла иметь место, А.Р. Карлштадт вместе с тем руководствовался в большей степени собственным интересом к церковному праву и юриспруденции. Так, в 1514 г. А.Р. Карлштадт размышлял над планом сочинения, в котором он желал «примирить» право и теологию при помощи сравнительного анализа мнений Фомы Аквинского, Иоанна Дунса Скота, их последователей и различных церковных канонистов. Добившись разрешения от курфюрста Фридриха, капитула и администрации университета, А.Р. Карлштадт осенью 1515 г. прибыл в Рим и поступил в папский университет (ныне университет Сапиенца). О пребывании А.Р. Карлштадта в Риме исследователям известно немного; некоторые впечатления от римской церковной жизни он впоследствии передавал в сочинении «О папской святости». По словам А.Р. Карлштадта, в марте 1515 г. он был свидетелем многодневных празднеств по случаю годовщины вступления на престол папы Льва X (1513–1521 гг.). А.Р. Карлштадт негативно оценивал роскошь, тщеславие и мирскую суетность, царившие при папском дворе, отмечая, что в Риме папа почитается «выше Христа» и «выше Таинства», т.е. Евхаристии. Однако эти позднейшие оценки едва ли передают его подлинные чувства во время пребывания в Риме; более того, в то время он всерьёз размышлял о карьере в Римской курии и даже служил в ней секретарём и писцом; ему было дано звание папского виконта, т.е. чиновника папской канцелярии, от которого он впоследствии публично отказался. В марте 1516 г. А.Р. Карлштадту была присвоена степень доктора светского и церковного права (juris utriusque); его экзаменаторами были католический патриарх Аквилейский кардинал Доменико Гримани (1461–1523 гг.) и францисканец Гарган Сиенский (ум. в 1523 г.). Опираясь на не вполне ясное свидетельство А.Р. Карлштадта в письме Георгу Спалатину (1484–1545 гг.), личному секретарю курфюрста Фридриха, многие исследователи предполагали, что экзамен происходил в Сиене, однако, согласно У. Бубенхаймеру, А.Р. Карлштадт стал доктором права в Риме, в папской курии.