После возвращения в Виттенберг в июне 1516 г. А.Р. Карлштадт сразу оказался вовлечённым в разгоравшиеся в университете споры вокруг учения М. Лютера. Толкуя в ходе университетских лекций послания апостола Павла, М. Лютер всё более откровенно критиковал учение католических теологов о спасении, оправдании и благодати. Собственное учение М. Лютер подтверждал ссылками на сочинения Гиппонского епископа Августина Блаженного, противопоставляя его взгляды теологии «схоластов», которые, по убеждению М. Лютера, извратили истинное апостольское и святоотеческое учение. В ходе университетского диспута 25 сентября 1516 г. М. Лютер заявил о том, что Августину Блаженному не может принадлежать приписываемое ему сочинение «Об истинном и ложном покаянии» («De vera et falsa poenitentia»; в настоящее время сочинение признаётся неподлинным), т.к. оно содержит высказывания, противоречащие августиновской теологии благодати. Присутствовавшие на диспуте университетские теологи, возглавляемые А.Р. Карлштадтом, немедленно обвинили М. Лютера в том, что он отвергает авторитет Августина Блаженного и церковной традиции (ссылки на этот трактат присутствовали, например, в «Декрете Грациана» (см. в ст. Грациан) и в «Сентенциях» Петра Ломбардского). М. Лютер в ответ предложил им прочитать трактаты Августина Блаженного и перестать «пелагизировать со Скотом», т.е. не следовать учению оппонента Августина Блаженного Пелагия, идейным наследником которого М. Лютер объявлял Иоанна Дунса Скота и его учеников за их аргументы в защиту свободы воли. В конце 1516 г. произошло ещё несколько подобных стычек между М. Лютером и А.Р. Карлштадтом, в том числе по вопросу об индульгенциях. О дальнейшем развитии событий исследователям известно из рассказа А.Р. Карлштадта. В январе 1517 г., последовав совету М. Лютера, А.Р. Карлштадт приобрёл в Лейпциге сочинения Августина Блаженного и начал искать в них аргументы против М. Лютера. Однако по мере чтения ему стала открываться правота М. Лютера: «Я оцепенел, онемел и вознегодовал..., я понял, что меня обманули тысячи схоластических сентенций..., я во всём ошибался и как бы бредил». С этого момента, по утверждению А.Р. Карлштадта, он перестал заниматься схоластической теологией и стал «со всем усердием, прилежанием и заботой» изучать «церковных и христианских учителей», т.е. Августина Блаженного. Несомненное влияние на восприятие А.Р. Карлштадтом учения Августина Блаженного оказали как беседы и обсуждения прочитанного с М. Лютером, так и знакомство с сочинениями И.Фон Штаупица, который был ревностным защитником августиновского учения о благодати и предопределении. А.Р. Карлштадт не стал медлить с публичным заявлением о своём согласии с М. Лютером и принятии «подлинной» августиновской теологии. 26 апреля 1517 г. он обнародовал свои размышления в виде 151 тезиса, которые были полемически направлены против теологов-схоластов. К этому времени серии тезисов, т.е. кратко сформулированных теоретических положений, стали одним из наиболее популярных жанров теологической литературы в германских университетах. Желая высказать некую концепцию, теологи разбивали её на отдельные положения, которые впоследствии могли обсуждаться как все вместе, так и по отдельности в ходе университетских диспутов.