В течение зимнего семестра 1507/1508 гг. А.Р. Карлштадт занимал пост декана факультета искусств; к этому времени он стал бакалавром теологии. Из сохранившегося расписания занятий в университете исследователям известно, что в 1507 г. он читал лекции по сочинениям Фомы Аквинского (via Sancti Thomae) и по «Метафизике» Аристотеля. Наряду с томистами в университете существовала и партия скотистов, т.е. последователей Иоанна Дунса Скота (ум. в 1308 г.), возглавляемая Николаусом фон Амсдорофом (1483–1565 гг.). Первоначально в философских и богословских диспутах А.Р. Карлштадт неизменно выступал на стороне томистов, однако знакомство с сочинениями Дунса Скота и номиналистов не прошло для него бесследно. А.Р. Карлштадт впоследствии свидетельствовал, что он «поочерёдно» (successive) принадлежал к «капреольской (capreolinam) секте» (т.е., к томистам; название происходит от имени известного томиста XV в. Иоанна Капреола, ум. в 1444 г.) и к «скотистской (scotisticam) секте». В начале философско-богословской деятельности А.Р. Карлштадт стремился защитить Фому Аквинского от нападок скотистов и других критиков, но в ходе этого сам проникся скотистскими идеями и стал сторонником совмещения томизма и скотизма, тем самым отойдя от строгих томистских принципов. Разрабатывая собственный вариант соединения томистских и скотистских концепций в области логики и теории познания, А.Р. Карлштадт создал сочинение «Об интенциях» («De intentionibus», 1507 г.), ставшее его первым опубликованным произведением. Предметом рассмотрения в трактате, преимущественно направленном против взглядов номиналистов и неортодоксальных томистов, являются так называемые первичные интенции (intentiones primae), т.е. представления, абстрагируемые познавательной способностью человека от конкретных вещей (например, «этот человек»), и вторичные интенции (intentiones secundae), т.е. общие понятия разума, формирующиеся в самом разуме на материале первичных абстрагирований и обеспечивающие возможность мыслительного процесса (например, «человек вообще»). А.Р. Карлштадт излагал томистское понимание различия между первичными и вторичными интенциями, отмечая, что первые являются предметом физики и метафизики, тогда как вторые относятся к области логики. Обсуждая процесс формирования первичных интенций, он отвергал субъективистский подход к познанию, свойственный номиналистам, и отмечал, что ментальный образ, или концепт (conceptus), вещи не есть произведение человеческого разума, но является «репрезентацией» самой вещи, способом её существования «в душе» человека. Критикуя утверждение последователей Уильяма Оккама (ум. в 1349 г.), считавших, что вторичные интенции есть произвольные «словесные обобщения» первичных, А.Р. Карлштадт отстаивал общий для томистской и скотистской метафизики тезис: вторичная интенция есть не «фикция разума», но результат взаимодействия реальной вещи и активного разума, поэтому соответствие между понятиями и вещами имеет не просто логический, но логико-онтологический характер. Ещё одну попытку совмещения томизма и скотизма А.Р. Карлштадт предпринял в сочинении «Томистские дистинкции» («Distinctiones thomistarum», 1508 г.).