В 1162 г. союз Киликийской Армении с Византией был разрушен после убийства брата Тороса II Стефана во время его визита в Тарс к византийскому дуке Киликии Андронику Комнину. Решив отомстить за Стефана, армяне напали на несколько византийских гарнизонов в Киликии, а затем возобновили войну против княжества Ошина Хетумида. Чтобы прекратить войну между армянскими княжествами, католикосат в Ромкле пытался стать посредником между ними. В 1165 г. длительные переговоры вёл Нерсес Шнорали, брат Григора III. В это же время Нерсес встретился с Алексеем Аксухом (византийским правителем Киликии) в Мамистре и начал переговоры о восстановлении общения Армянской Апостольской и Константинопольской православной церквей. Нерсес отправил в Константинополь «Исповедание веры» ААЦ, в котором настаивал на том, что богословие Кирилла Александрийского, принятое третьим Вселенским собором в Эфесе (431 г.), должно быть объединяющей основой для армян и византийцев. Через год после смерти Григора III Нерсес IV взошёл на престол католикоса (1166–1173 гг.). В 1164 г., всё ещё поддерживая союз с Византией, Торос II участвовал в коалиции христианских сил (византийский дука Константин Каламан, князь Боэмунд III Антиохийский), которая начала войну против Халеба. Однако силы мусульман слишком превосходили войска союзников, и в битве при Хариме Нур ад-Дин одержал над ними победу. Большинство предводителей коалиции попало в плен. Торос II, видя неизбежность поражения, покинул место битвы. В 1170 г., после смерти Тороса II, в Киликийской Армении произошёл переворот, в ходе которого в Ромкле был свергнут и убит малолетний сын Тороса II Рубен II (1169–1170 гг.). Князем Киликийской Армении стал брат Тороса II Млех (1170–1175 гг.), которого поддержал атабек Нур ад-Дин, отправивший войско в Киликийскую Армению для утверждения его на престоле. Средневековые историки обвиняют Млеха в убийстве князя Рубена II, указывая на его антивизантийскую и промусульманскую ориентацию, а также на его враждебность к церкви. С началом правления Млеха влияние Византии в Киликийской Армении сократилось ещё сильнее. В 1173 г. Млех вновь захватил у византийцев большую часть Равнинной Киликии, в том числе Адану, Мсис и Тарс, начал войну против Антиохии, помогал Григору IV Тха в 1173 г. взойти на престол католикоса в Ромкле. Вновь разорвав отношения с княжеством Хетумидов, Млех осадил их столицу Ламброн и принудил князя Хетума III признать себя вассалом Млеха. В это же время Млех сделал своей резиденцией крепость Сис и начал её перестройку. Но наступательная политика против государств крестоносцев и Византии не смогла объединить раздробленные силы Киликийской Армении. Многие феодалы противились союзу с Халебом, что вскоре привело к новому перевороту в Киликийской Армении. В 1175 г. князь Млех был убит заговорщиками. После переворота власть в Киликийской Армении перешла в руки сына погибшего в 1162 г. князя Стефана Рубена III (1175–1185 гг., ум. в 1187 г.), который был поборником превращения Киликийской Армении в могущественное государство и сохранения баланса остальных политических сил в регионе. По материнской линии его дядей был князь из рода Хетумидов, что дало возможность наиболее влиятельным фамилиям Киликийской Армении – Рубенидам и Хетумидам прекратить прежнюю вражду и создать союз.