Пo сообщениям Асолика, в это время появляются первые епархии Армянской церкви в Киликии. Католикос Хачик I (973–992 гг.) впервые рукоположил армянских епископов в Антиохию, Тарс и Лулон (Каппадокия) – на территории, недавно освобождённые византийцами от мусульман, где проживали или куда были переселены значительные армянские общины. В XI в. византийская экспансия в Закавказье привела к тому, что армянские правящие фамилии Арцрунидов и Багратидов, а также князья Пахлавуни получали земельные наделы в Каппадокии и Северной Сирии, переселялись туда с приближёнными и военными отрядами. С середины XI в. иммиграция армян в Киликию увеличилась и в связи с опустошительными вторжениями сельджуков в Армению с востока. Наиболее интенсивно переселение шло в 1070 гг., когда после разгрома византийцев в Манцикертской битве (1071 г.) тюрки-сельджуки захватили всю Малую Азию, а армяне начали укреплять свои позиции в приевфратских областях Северной Сирии и крепостях Горной Киликии. Армянские князья приобретали у византийского правительства права владения территорией и выполняли политико-административные функции в отношении местного населения. В XI в. византийцы часто назначали в Киликии армянских правителей: Хачатура – в Антиохии, Аплгариба – в Тарсе, Васила и Тороса – в Эдессе. В 1070 гг., в период коллапса византийской власти в Малой Азии, в Киликии и Северной Сирии основал княжество с центром в Мараше (ныне Кахраманмараш, Турция) стратиг византийского императора Романа IV Диогена Филарет (Вахрам) Варажнуни (1078–1086 гг.), который несколько лет сдерживал наступление сельджуков. После его смерти княжество было разделено между военачальниками. Большую часть наследовал Васил Гох (ум. в 1112 г.). В 1073 г. под давлением сельджуков армянский князь Ошин оставил в округе Гандзак (современный Гянджа, Азербайджан) своё родовое владение Майреацджур (этот топоним упоминается в эпиграфической надписи, найденной в селе Ахбрадзор) и с отрядом также переселился в Киликию. Ошин женился на дочери Аплгариба. Занятые им владения стали ядром княжества фамилии Хетумидов. Его столицами были крепости Ламброн и Паперон (Бабарон) в Западной Киликии. Хетумиды поддерживали тесные вассальные отношения с Византией. В 1078 г. по решению византийского императора Михаила VII представитель этой фамилии Аплгариб был назначен дукой Тарса. В Горной Киликии, в крепости Бардзраберд (недалеко от Сиса), основал княжество Рубен I (1080–1095 гг.), представитель антивизантийской партии армянской знати. Он сразу порвал отношения с Византией и начал отстаивать независимость своих владений. При помощи армянского населения и своих военных отрядов князю Рубену I удалось укрепиться в центральных областях Таврских гор и создать фактически независимое государство. Несмотря на скудость сведений о деятельности Рубена I, современная историография считает его основателем княжества династии Рубенидов в Киликийской Армении. Армянская историческая традиция, следуя продолжателю истории Самуэла Анеци, считает, что в середине XI в. он был одним из вассалов армянского царя Ани Гагика II Багратуни. В продолжительной борьбе Рубен I завладел крепостью Копитар и селением Коромозол. Прах Рубена I захоронен в монастыре Касталон. Преемником стал его сын Костандин I (1095–1102 гг.).