Многие из киликийских цитаделей были возведены ещё в доисторические времена. В их археологических пластах есть следы фортификационного искусства хеттов, греков, римлян, византийцев, арабов, армян, крестоносцев-тюрок. Природные богатства, труднодоступность для завоевателей, выгодное стратегическое положение Киликийской Армении предопределили её успехи в политическом и культурном развитии. В больших городах были и христианские храмы различных конфессий, и мечети. Все религиозные общины в Киликийской Армении создавали свои религиозные структуры, которые сотрудничали с армянскими политическими и духовными властями. В конце ХI – ХIV в. в религиозной сфере господствующее положение занимала ААЦ. Резиденция католикосов размещалась в разных монастырях страны: Красный монастырь на Чёрной Горе (1090–1105 гг.; хребет Аманус, ныне Нур), монастырь Шугр на Оронте, южнее Антиохии (около 1110 – 1125 гг.), Цовк (1125–1150 гг.), Ромкла (1150–1292 гг.), Сис (1293–1921 гг.). Помимо своей духовной миссии католикосат играл объединяющую роль в политической жизни не только Киликийской Армении и Великой Армении, но и армянских общин в странах Ближнего Востока. В эпоху Киликийской Армении в регионе в связи с нестабильной политической ситуацией существовало несколько престолов католикосов, соперничавших друг с другом. Однако католикосат в Сисе сохранил первопрестольный статус и после падения Киликийской Армении и удерживал его до возвращения католикосата в Вагаршапат в 1441 г. В Киликийской Армении, а также в регионе Чёрной Горы действовало множество армянских и других монастырей. Среди них наиболее крупными были Касталон (усыпальница первых Рубенидов, близ Вахки), Акнер, Аркакагин, Дразарк (как полагают исследователи, Аккилисе, в 33 км северо-восточнее Сиса), Грнер (не локализован), Скевра (близ Ламброна), Млич (близ Паперона) и др. В Киликийской Армении существовали большие общины православных греков-византийцев, сирийских арабов, которых окормляли иерархи и Антиохийской православной и Сирийской яковитской церквей. Православные антиохийские патриархи с конца XI в., в основном, жили в изгнании в Константинополе, хотя время от времени им удавалось вернуться на престол в Антиохию и тем самым укрепить положение церкви в Киликийской Армении. Яковитские католикосы также долгое время жили в этом регионе в различных монастырских резиденциях. Римско-католическая церковь создала в Киликийской Армении обширную сеть епископских кафедр. Католические монашеские и духовно-рыцарские Ордены (тамплиеры, госпитальеры, тевтоны и др.) имели здесь замки и монастыри; монастыри и храмы были у армян, греков (известные в Средневековье как мелькиты), сирийских яковитов. С VIII–X вв. в источниках отмечается присутствие армянских подразделений в византийской армии, которая воевала на территории Киликии. По сообщениям хрониста Псевдо-Дионисия Телль-Махрского (IX в.) и Дионисия бар Салиби (XII в.), в VIII в. большое число армян было переселено арабами в Северную Сирию и Киликию. Михаил Сириец (XII в.) упоминает также второй поток переселенцев – в X в. При византийском императоре Константине VII Багрянородный (913–959 гг.) византийский дука армянин Млех создал крупное катепанство на территории фемы Ликанд. За доблестную службу армянская военная аристократия получала в регионе земельные наделы.