Армянские княжества, окружённые мусульманскими соседями (Иконийский султанат, Данишмендидский и Халебский эмираты), отстаивали свою независимость. Тюркие завоевания сказались и на судьбах ААЦ. В 1072 г. на престол католикоса вернулся Григор II Вкаясер (1066–1105 гг.). Григор II переместил свою резиденцию в Красный монастырь (Кармирванк) на Чёрной Горе близ Антиохии. В 1081 г. он возвёл своего племянника Барсега на престол католикоса в Ани, где уже правили сельджуки. Григор II и Барсег начали искать контактов со многими возможными союзниками армян, возобновили переписку и обмен посольствами с церковными и политическими лидерами Византии, Римской курии, с сельджуками, с армянскими общинами Палестины и Египта, где их поддержал везир Фатимидов Бадр аль-Гамаль армянского происхождения. Посол Григора II в 1075 г. встречался с папой Римским Григорием VII, чем было положено начало постоянным прямым контактам Армянской и Римско-католической церквей. Сохранилась переписка Григора с Иоанном X, патриархом Сирийской яковитской церкви (1067–1073 гг.). В Западной Европе всё больше интересовались Ближним Востоком и говорили о Крестовом походе на Иерусалим, Римская курия быстро осознала большое значение армян как союзников в этом регионе. В конце XI в. Византия ещё частично сохраняла своё влияние в регионе; ей принадлежали южное побережье Малой Азии, Равнинная Киликия и Кипр; княжества Киликийской Армении считались вассалами Византии, которая помогла крестоносцам в разгроме мусульманских государств Малой Азии и Сирии и в создании государств крестоносцев. Этому способствовали также княжества Киликийской Армении. Войско первого Крестового похода появилось у северо-западной границы Горной Киликии осенью 1097 г. Брат Васила Гоха князь Баграт (в латинских источниках Панкратий) указал крестоносцам кратчайшие пути, ведущие из Малой Азии в Киликию, Антиохию и Эдессу. За эти услуги он получил от крестоносцев несколько крепостей в Приевфратском регионе Северной Сирии. Вначале армянские князья доверяли руководителям крестоносцев и помогали им. Однако в начале 1098 г. крестоносцы во главе с Балдуином Фландрским заняли Эдессу, где в то время правил князь Торос, армянин православного исповедания. Вскоре франки устроили переворот, убили Тороса и отстранили армян от власти, образовав собственное Эдесское графство. После этого Рубениды и Васил Гох отстаивали свои интересы независимо. Весной 1098 г. крестоносцы, византийцы и армянские князья осадили Антиохию. Когда византийцы порвали отношения с крестоносцами и покинули осадный лагерь под Антиохией, вместе с византийцами войну прекратили и Хетумиды, а также дружина Костандина I Рубенида. Летом 1098 г. крестоносцы захватили Антиохию и создали Антиохийское княжество. С этого момента начинается длительное противостояние между Киликийской Арменией Рубенидов и Антиохийским княжеством за владение Равнинной Киликией. Тем не менее, история государств крестоносцев на Ближнем Востоке (Иерусалимское королевство, Эдесское графство, с конца XII в. Кипрское королевство) в дальнейшем тесно пересекается с историей Киликийской Армении. Во время правления Костандина I (1095 – около 1100 гг.) княжество Рубенидов значительно укрепилось.