В начале XII в. ААЦ ещё испытывала последствия тюркских завоеваний и переселения значительной части паствы в Киликию. На престол католикоса был возведен 18-летний Григор III Пахлавуни (1113–1166 гг.), родственник предыдущих католикосов. Значительная часть церковных иерархов Васпуракана (одна из центральных областей Великой Армении) выступила против него. В монастыре Ахтамар епископ Давид Торникиан созвал Собор, который объявил избрание Григора III незаконным и провозгласил католикосом Давида. Григор III в ответ созвал Собор в монастыре Шугр. Помимо церковных деятелей в Соборе участвовала армянская знать и представители большинства княжеств Киликийской Армении и других армянских церковных епархий Великой Армении и Ближнего Востока. Они выразили поддержку Григору III и объявили низложенным Давида. Тем не менее, церковь Ахтамара фактически отделилась от Армянской церкви и сохраняла автономный статус как католикосат до 1895 г., когда монастырь был уничтожен во время геноцида. В 1125 г. резиденция католикоса всех армян была перенесена из монастыря Шугр в Цовк. В 1129 г., после смерти Тороса I и его малолетнего сына, в Киликийской Армении правил его брат Левон I, который по Девольскому договору также считался вассалом Византии и ранее владел некоторыми крепостями Горной Киликии. Продолжая борьбу за овладение Равнинной Киликией, Левон I столкнулся с интересами не только Антиохийского княжества, но и Византии, поскольку стремился постепенно отказаться от политического покровительства Константинополя. Ухудшились также взаимоотношения Киликийской Армении и Данишмендидского эмирата. Хронисты XII в. Михаил Сириец и Вильгельм Тирский, описывая обстановку в Киликии в то время, среди противоборствующих сил упоминали также князя Боэмунда II Антиохийского. В 1129/1130 г. он преследовал Ридвана, мусульманского правителя Халеба (Алеппо), и случайно столкнулся с войсками Левона I и эмира Гази Данишмендида. По свидетельствам хронистов, между войсками Гази и Боэмунда II произошло сражение, которое закончилось поражением антиохийцев, а войско Левона I преследовало побеждённых, т.е. Левон выступил на стороне Данишмендидов. Местом сражения Вильгельм Тирский называет Portus Pallorum, а Михаил Сириец – Аназарв. Предположительно накануне сражения Гази заключил союз с правителем Халеба Ридваном, напал на Антиохийское княжество и совершил поход вглубь Равнинной Киликии. Таким образом, в конце 1120 гг. Левон I, намереваясь выступить против Антиохии и занять Равнинную Киликию, стал союзником эмирата Данишмендидов. В то же время изменение политики Киликийской Армении в пользу союза с сельджуками ухудшило отношения Рубенидов с Византией и поставило под вопрос их прежние договоры. Византийский придворный писатель Михаил Италик в одном из панегириков упоминал о том, что Левона I возвели на трон без ведома его формального сюзерена императора Иоанна II Комнина (1118–1143 гг.). Исходя из этого текста, исследователи предполагают, что Левон I тем самым заявил о своём суверенитете. Поражения антиохийского князя Боэмунда II и его смерть в 1129/1130 г. привели к временной потере самостоятельности Антиохии, которая до 1136 г. подчинялась Иерусалимскому королевству или Эдесскому графству.