Первоначально кафоликон был однонефным, но вскоре с северной стороны вырубили ещё один неф, а также купол. Фрески первого периода росписи находятся в южном нефе, при перестройке роспись северной части этого нефа была уничтожена. Ко второму периоду исследователи относят фрески северного нефа; возможно, тогда же был расписан нартекс. Сходство росписей в кафоликоне св. Архангелов с росписями, датированными по надписям на фресках храмов Ичери Баг-килисеси и Кыркдамалты-килисе, позволяет исследователям предположить, что первый и второй слои могли быть выполнены с 1282 по 1304 гг. В программу росписи кафоликона включены только великие праздники, нарративные циклы отсутствуют. Несколько великих праздников изображено на своде южного нефа и на западной стене. Композиция «Вознесение Господне» занимает всю восточную часть свода перед апсидой, «Вход Господень в Иерусалим» – западный тимпан. Другие сюжеты «Преображение Господне», сцены Страстей Христовых) – в северном нефе. Жизнь Пресвятой Богородицы и детство Иисуса Христа изображены в нартексе, там же – св. Христофор в воинских одеждах. В южной апсиде – два регистра росписей. В конхе – поясной Деисус. Ниже – фронтально стоящие святители. В северной нише рядом с переходом в северную апсиду – поясное изображение Христа Еммануила (так же изображён Христос Еммануил в Безирана-килисе в долине Ыхлара, Гюзелёз №4 (Мавруджан) и Татларын, что связано с приготовлением Святых Даров и темами Воплощения и Евхаристии). На арке апсиды – св. равноапостольные Константин и Елена (ср. с росписями Кара-килисе близ Мустафапаши, Элевра III, Юксекли I). В северной апсиде – три регистра. Вверху – Христос на троне с четырьмя символами евангелистов и двумя поклоняющимися ангелами. В среднем регистре – «Причащение апостолов». Иисус Христос изображён дважды по сторонам кивория, рядом с Ним – ангелы-диаконы с рипидами в руках. Справа подходит в чаше апостол Павел, слева – причащается хлебом апостол Пётр. В нижнем регистре в нише – Этимасия. По сторонам ниши – изображения Богоматери и св. Иоанна Предтечи. Богоматерь представлена с воздетыми руками и медальоном с образом Христа (тип «Платитеры» или «Влахернитиссы») – редчайший в Каппадокии сюжет. У св. Иоанна Предтечи, обращённого к нише, в левой руке – свиток с текстом: «Се агнец Божий»; два святителя – слева и три – справа. В северной части регистра одна фигура не в епископских одеждах, возможно, мученик. С южной стороны, в проходе в апсиду, – образ св. Онуфрия.