Особенностью росписи исследователи считают галерею образов орантов, среди которых большинство фигур – св. жёны. Крупные полуфигуры с выразительными ликами и единообразными жестами воздетых рук располагаются в люнетах и на сводах алтаря: преподобного Онуфрия Великого, св. Анны и великомученицы Параскевы, преподобного Зосима Египетского, преподобномученицы Евдокии, преподобной Марии Египетской, преподобной Анастасии, преподобной Евпраксии. На сводах и в нишах изображены святые, в числе которых – группы св. воинов: Евстратий, Авксентий, Мардарий, Орест (память 13 декабря) и Анемподист, Пигасий, Аффоний, Акиндин (память 2 ноября). Состав святых и молитвенная поза большинства из них (оранты) указывают на то, что в монастырском комплексе была воплощена ктиторская литургическая программа, связанная с заупокойным назначением храма, в западной части которого находится погребальная капелла. Росписи Юсуф-Коч-килисеси исследователи тоже относят к ктиторскому типу. О времени создания фресок нет единого мнения. Тьерри датирует роспись серединой XI в., Рестле и Жоливе-Леви – XIII в. Церковь типа вписанного креста с двумя куполами, опиравшимися на шесть колонн, и с двумя апсидами. На северной стене находится единственная евангельская сцена – «Благовещение Пресвятой Богородицы», где у ног Пресвятой Богородицы помещена фигурка донатора. Остальное пространство церкви занято изображениями святых. В конхе северной апсиды – поясное изображение Богоматери «Никопеи», под ним – фриз с фронтально изображёнными святителями, в конхе южной апсиды – Деисус, в куполах – полуфигуры архангелов, в тимпанах над апсидами – поясной образ Христа Пантократора (север) и поясные образы апостолов Петра и Павла (юг), на южной стене – парное изображение всадников, на арках и сводах – поясные образы мучеников Сергия и Вакха, Флора и Лавра, евангелистов, в люнетах и на стенах – святые Константин и Елена, св. Прокопий, св. Христофор и др. Фрески выполнены на светло-сером фоне. Лики написаны тёплой охрой с зелёными притенениями и мягкой подрумянкой, объёмные моделировки фигур подчёркнуты свободно лежащими складками драпировок, детали одежд св. воинов богато декорированы. Образам святых присуща созерцательность, они отличаются гармонией внутренней и внешней красоты. Одной из особенностей каппадокийских росписей, связанных с литургическим значением поминальных монастырей, исследователи считают размещение композиции Деисус в главной алтарной апсиде. Деисус, известный в византийском искусстве с VI в. (базилика монастыря великомученицы Екатерины на Синае), не имеет строго определённого места в росписи и чаще помещается на границе вимы или у основания конхи апсиды или на арке или своде вимы. Литургическое значение Деисус имеет и на эпистилиях темплонов. Из темы Деисуса развилась тема моленного образа. Эти изображения, часто встречающиеся в погребальных капеллах, в X–XI вв. получили особое место в росписях храмов Каппадокии и Грузии, где Деисус преимущественно располагался в главных алтарных апсидах. В иконографических программах храмов Каппадокии исследователи встречают только трёхфигурного Деисуса, в котором по сторонам Иисуса Христа, сидящего на троне, изображены Пресвятая Богородица и св. Иоанн Предтеча.