В 1653 г. по инициативе патриарха Никона был исполнен новый пятиярусный иконостас Успенского собора Московского Кремля с изменённым составом деисусного ряда – апостольским Деисусом. В число 12 апостолов входили апостол Павел и четыре евангелиста, отсутствовали апостолы от 20. Это было одно из первых патриарших начинаний по приближению русской церковной практики к современной греческой. Обязательным стало наличие трёх врат и размещение икон местного ряда по греческому образцу. Начиная с этого времени в храмозданные грамоты включалось требование, чтобы «в церкви и в приделе в олтари были по трои двери царьские, южные, северные, а подле царских дверей в правую сторону вначале поставить образ всемилостиваго Спаса, а подле Спасова образа поставить образ настоящаго святого храма, а по левую сторону царских дверей поставить образ пречистыя Богородицы и иные образы по чину» (храмозданная грамота Питирима, митрополита Сарского и Подонского, на строительство деревянной Троицкой церкви во Флорищевой пустыни в 1663 г.). Собор 1666–1667 гг. постановил завершать иконостас Распятием; часто к резному Распятию добавляли обрезные по контуру фигуры предстоящих. В центре праотеческого ряда была, как правило, икона «Господь Саваоф», несмотря на её запрещение прошедшим Собором. Принципиальное изменение декора и конструкции русского иконостаса произошло примерно в 1650–1660 гг. и было связано с работами белорусских резчиков для патриарха Никона. Иконостас превратился в огромную раму с чёткими архитектурными членениями – колонками и карнизами, украшенную резными картушами, кубками-фиалами, раковинами и т.п. Объёмная резьба таких иконостасов называлась «флемской» – как полагают исследователи, от нем. flämisch – фламандский, и была близка к резьбе польских католических алтарей. Излюбленные мотивы «флемской рези» – прорезные колонки с виноградной лозой, виноградные и акантовые листья, гребни с перлами, «скрученный пергамент», разнообразные цветы и фрукты – «цироты» (от нем. «Zieraten» – «украшение»), изредка встречаются небольшие фигуры ангелов в длинных одеяниях. Резьбу золотили, в особых случаях расписывали серебром, золотом и цветными лаками (например, в церкви Воскресения словущего в Теремном дворце Московского Кремля, 1680 г.). По композиции «флемские» иконостасы делятся исследователями на два типа. В первом наглядно выявляется ордерная основа с колоннами, консолями и карнизами, иконы строго выровнены по ширине (кроме икон местного ряда) и имеют простую форму (прямоугольную, круглую, овальную). Второй тип иконостаса, употреблявшийся, в основном, в ярусных храмах, более сложен и строится по ритмическому принципу, размеры икон и оси их размещения в разных рядах не совпадают, по конфигурации встречаются квадрифолии, многогранники, шести- и восьмилистники (например, в церкви Покрова Пресвятой Богородицы в Филях, 1694 г.).