В качестве причин их возникновения исследователи называют утверждение на Руси Иерусалимского богослужебного устава и новое чинопоследование литургии согласно «Диатаксису» патриарха Филофея Коккина. Однако указанные изменения не носили принципиального характера; если их связь с эволюцией иконостаса существовала, то была весьма опосредованной. Свою роль в генезисе иконостаса сыграли распространённые на Руси в XII–XIII вв. высокие деревянные алтарные преграды (в соборе псковского во имя Иоанна Предтечи монастыря – около 5 м), а также глухие алтарные преграды раннемосковских храмов (Успенский собор на Городке в Звенигороде, конец XIV в.; Рождественский собор Саввина Сторожевского монастыря, 1405 г.). Каменные глухие преграды размещались между восточными столбами и имели фресковые росписи, а иногда – резные архитектурные детали (архитрав, пилястры). Исследователи предполагают, что размещение тябла-архитрава на большой высоте вызвало укрупнение размеров стоящих на нём икон, что, в свою очередь, усилило значение икон в интерьере и обусловило необходимость разработки для них единой программы. Как полагают исследователи, из четырёхъярусного иконостаса происходит ростовой деисусный чин, перенесённый в Благовещенский собор Московского Кремля после пожара 1547 г. (датируется концом XIV в. или началом XV в., некоторые иконы написаны греческим мастером, традиционно отождествляемым с Феофаном Греком). Первым, частично дошедшим до наших дней русским иконостасом, состоявшим из четырёх рядов (местного, деисусного, праздничного и пророческого), стал иконостас Успенского собора во Владимире (около 1410 г.; приписывался преподобным Андрею Рублёву и Даниилу). Из ростовых деисусных икон сохранилось 13 (Третьяковская галерея, Русский  музей), праздничных – пять (Третьяковская галерея, Русский  музей), пророческий чин был поясной (две иконы, Русский музей). Исследователи предполагают, что этот иконостас, как и ряд других, был несомкнутым, т.е. разделённым восточными опорами храма. Наиболее ранним иконостасом, полностью сохранившим первоначальную структуру и почти все иконы, является иконостас Троицкого собора Троице-Сергиевой лавры (1425–1427 гг., преподобные Андрей Рублёв и Даниил с мастерской). Изначально он был сомкнутым, т.е. представлял собой единую стену из икон, поставленных на горизонтальные балки-тябла, что существенным образом меняло восприятие внутреннего пространства храма. Повысилось значение поперечного предалтарного нефа, солеи и купола, в то время как восточная часть с восточной парой столбов оказалась полностью недоступной взгляду. Перестала читаться иерархическая соподчинённость алтаря, жертвенника и диаконника, скрытых сплошным иконостасом.