Во второй половине XVI в. в праздничном ряду «Походного иконостаса» (ТКМ) впервые встречается «Покров Богородицы». Последовательность икон могла соответствовать евангельской хронологии или календарной очерёдности праздников, но чаще оба принципа комбинировались. Пророческий ряд появился в ростовом варианте (иконостас Софийского собора в Великом Новгороде, 1528? г. ). Важнейшим новшеством стало возникновение во второй половине XVI в. поясного праотеческого ряда (наиболее ранний из достоверно датированных – в Смоленском соборе Новодевичьего монастыря, 1598 г.). В центре его находилась икона «Отечество» (в более поздних иконостасах – «Господь Саваоф», «Святая Троица (новозаветная)»). В Благовещенском соборе Сольвычегодска (конец XVI в.) было сорок образов праотцев на десяти досках, в Троицком соборе Троице-Сергиева монастыря (1600 г.) – 21 икона праотцев. Над иконами праотцев устанавливали на столбиках резных или литых шестокрылов-херувимов. Началось также формирование пядничного ряда: маленькие вкладные иконы стали группировать на полке в нижней части деисусного ряда (Благовещенский собор Московского Кремля, Преображенский собор Соловецкого монастыря и др.). Местные иконы оставались плохо упорядоченными, по преимуществу соблюдалось только положение храмовой иконы справа от царских врат. Наряду с многоярусными иконостасами в XV–XVI вв. были широко распространены иконостасы, состоявшие только из деисусного ряда. В Великом Новгороде, по описи 1617 г., их было большинство (72 из 132). Все иконостасы имели тябловую конструкцию: иконы стояли на брусьях-тяблах, концы которых заводились в кладку стен и восточных столбов. Лицевые стороны брусьев украшали орнаментальной росписью (тябла церкви Иоанна Лествичника Кириллова Белозерского монастыря, конец XVI – начало XVII вв.), резьбой и позолотой (тябла церкви Кирилла Белозерского того же монастыря) или в особых случаях басменным окладом (такой оклад существовал на иконостасе Успенского собора Московского Кремля в 1627 г.). В состав иконостаса входят царские врата (или райские врата), расположенные в центре местного ряда, а также боковые врата, ведущие в жертвенник и диаконник. Царские врата пришли из византийской традиции и существовали ещё до появления высокого иконостаса (врата из погоста Кривое, вторая половина XIII в., Третьяковская галерея). В навершии врат изображали «Благовещение», на створках – святителей Василия Великого и Иоанна Златоуста, позднее – четырёх евангелистов. Над вратами располагалась сень-коруна с иконой «Причащение апостолов хлебом и вином» (евхаристия). Царские врата часто украшали глухой орнаментальной резьбой, размещая живописные изображения на створках киотцев в виде храмов. Двери в боковых проёмах иконостаса в Византии неизвестны.