В каменных церквах, имевших росписи, иконостас и фрески составляли единое целое; в деревянных храмах он сосредоточивал в себе главное сакральное содержание интерьера. Четырехъярусные иконостасы появились также в Спасо-Преображенском соборе Твери («Кашинский чин», середина XV в., сохранилось 27 икон, Третьяковская галерея, Русский  музей), в новом Успенском соборе Московского Кремля (1481 г., не сохранились) и в Успенском соборе Кириллова Белозерского монастыря (1497 г., сохранилось 57 икон, Кирилло-Белозерский музей-заповедник, Третьяковская галерея, Русский  музей). Деисусный ряд (ростовой или поясной) в это время помимо главных семи фигур мог включать образы святителей, мучеников, столпников. Размеры икон были велики (высота деисусных икон в иконостасе, ныне находящемся в Благовещенском соборе Московского Кремля, 2,1 м, в Успенском соборе во Владимире – 3,14 м). Центром стал образ «Спас в силах», акцентировавший эсхатологический аспект деисусного ряда. В Пскове известен апостольский деисусный чин, где по сторонам центрального изображения (предположительно «Спас на престоле, с предстоящими Богоматерью и Иоанном Предтечей») располагалось 12 икон апостолов (иконостас церкви Успения с Пароменья, середина XV в., сохранилось 9 (?) икон, Псковский музей). В состав праздничного ряда входили двунадесятые праздники, евхаристические сюжеты и сцены Страстного и Пасхального циклов (Благовещенский собор – 14 икон, Троицкий собор – 19 икон, Успенский собор Кириллова Белозерского монастыря – 24 иконы). По мнению исследователей, уже в иконостасе Успенского собора во Владимире (25 икон) была икона «Святая Троица», которая числится в описи храма 1771 г. Иконы пророческого ряда в XV в. были поясными, единоличными («Кашинский чин») или по два–три изображения на досках горизонтального формата. В Троицком соборе все пророки обращены к центру ряда, где находилась икона Божьей Матери «Воплощение» («Знамение»; не сохранилась), в иконостасе Успенского собора Кириллова Белозерского монастыря фигуры сгруппированы по три, центральная показана прямолично, боковые – в повороте к ней. Состав пророков не был жёстко фиксирован, однако главное место отводилось св. царям и пророкам Давиду и Соломону, затем Моисею и четырём пророкам – Исаии, Иеремии, Иезекиилю и Даниилу. Атрибуты помимо свитков с текстами пророчеств в это время встречались редко (рог у пророка Самуила в иконостасе Успенского собора Кириллова Белозерского монастыря). В XVI в. из праздничного ряда исключили Страстной цикл (кроме «Распятия»), но добавили «Воздвижение Креста» и Богородичные праздники протоевангельского цикла: «Рождество Богородицы», «Введение Богородицы во храм» (иконостас Рождественского придела Софийского собора в Великом Новгороде, середина XVI в.).