В душе, предочищенной покаянием, последовательно обнаруживаются действия Святого Духа: равнодушие к миру, примирение со всеми, сострадание и любовь к падшему человечеству и каждому отдельному человеку; наконец, молитвенное соединение ума с сердцем, а затем и всей души с телом. Молитва, соответствующая этим духовным состояниям, также последовательно может быть подразделена на умную, «когда произносится умом с глубоким вниманием, при сочувствии сердца», сердечную, «когда произносится соединёнными умом и сердцем, причём ум как бы нисходит в сердце и из глубины сердца воссылает молитву» и душевную, «когда совершается от всей души с участием самого тела…, причём всё существо соделывается как бы едиными устами, произносящими молитву». Соединение рассеченных прежде грехом ума, сердца, души и тела «есть вместе и соединение человека с самим с собой, и соединение его с Господом». Это мистическое соединение с Богом подразумевает совершенство любви, преуспеяние в которой «сопряжено с неизъяснимым духовным утешением, наслаждением и просвещением». О высших плодах молитвы Игнатий говорил достаточно сдержанно из опасения повредить новоначальным. Однако анализ его сочинений говорит исследователям о том, что «сам Владыка, несомненно, был причастником не только «первоначальных» даров Иисусовой молитвы, но и высших даров, последующих за первоначальными». Основной опасностью в духовной жизни Игнатий считал уклонение в прелесть. Разбору этого явления он уделил много места в своих творениях. По определению Игнатия, «прелесть есть повреждение естества человеческого ложью». Ещё в раю дьявол использовал ложь, чтобы соблазнить Адама и Еву. Прародители рода человеческого приняли ложные слова искусителя за истину, а в словах Божьих усомнились. В результате они нарушили заповедь, данную Богом, и отпали от источника жизни. Поражённое грехом человеческое естество в потомках Адама и Евы стало больше стремиться ко злу, чем к добру, принимая наслаждение от общения со злом за благо. Причина подобного обмана в том, что силы души человека (воля, чувство, разум) извращены грехом. «Мы родимся такими, – говорил Игнатий, – мы не можем не быть такими: и потому все мы, без всякого исключения, находимся в состоянии самообольщения и бесовской прелести». Из этого обмана, которому подпало всё человечество, освободил людей Христос, Который Сам есть Истина (ср.: Ин. 14:6) и возвестил её всему миру. Человеку предоставлена свобода подчиниться Богу или дьяволу, который искушает каждого человека. «Он старается обольстить и обмануть нас, опираясь на наше состояние самообольщения; наши страсти – эти болезненные влечения – он приводит в движение; пагубные требования их облачает в благовидность, усиливается склонить нас к удовлетворению страстям». Те, кто не сопротивляются искушению с помощью евангельского учения, по мысли Игнатия, попадают в полное подчинение дьяволу и из самообольщения переходят в состояние бесовской прелести. Игнатий считал, что существуют разные виды прелести, соответствующие страстям, которыми они порождены. Признаком любой разновидности прелести является гордость. «Ужасная гордость, подобная гордости демонов, – писал Игнатий, – составляет господствующее качество усвоивших себе ту или другую прелесть».