Человек, не достигший святости, не должен искать места рядом со Христом. «Здесь не наше место. Наше место в сонме прокажённых, расслабленных, слепых, глухих, немых, беснующихся. Мы принадлежим к числу их по состоянию душ наших, и в числе их приступим к Спасителю нашему». Грешникам не свойственно благодатное наслаждение, «им свойствен плач». Истинный подвижник во всём полагается на Бога и стремится к тому, чтобы молитва его была бескорыстной. «Будь бескорыстен перед Богом, – пишет Игнатий. – Никак не позволь себе ожидания благодати: это состояние и учение находящихся в самообольщении, отпавших от Истины. Молитва должна иметь «два крыла»: внимание и покаяние. О внимании Игнатий говорил, что оно – «душа молитвы», без которой всякое молитвенное делание бесплодно. Сосредоточенности на молитве помогает внутреннее ощущение и даже поза приговорённого к казни преступника, стоящего перед судьёй. Наилучшим же образом внимание достигается через заключение ума в словах молитвы, лучшей из которых Игнатий считал Иисусову молитву. Учению об Иисусовой молитве посвящены следующие сочинения Игнатия: «О молитве Иисусовой. Беседа старца с учеником», «Слово о молитве Иисусовой», «Слово о молитве умной, сердечной и душевной», «Приношение современному монашеству». Иисусова молитва – это «установление Божественное». Она не только позволяет сосредоточиться всецело на покаянной мысли о помиловании, но и содержит в себе залог благодатной радости через обладающее божественной силой имя Иисуса: «Вся сила и всё действие молитвы Иисусовой истекает из покланяемого и всемогущего имени Иисус...» Имя Христово оживляет душу человека, поскольку «Господь Иисус – жизнь, и имя Его – живое». Учение о «Божеской силе имени Иисусова» имеет, по словам Игнатия, достоинство основного догмата церкви. В изложении этого учения святитель далёк от крайностей будущих имяславческих споров, т.к. утверждал лишь то, что имя, ограниченное по определению, будучи воспринято неограниченным Богом, усвоило от Него неограниченное достоинство и силу. По замечанию игумена Марка (Лозинского), Игнатий, «в противоположность распространённому мнению, что Иисусовой молитвой могут заниматься лишь одни монахи…, считал и многих мирян способными заниматься этим спасительным деланием». В то же время Игнатий ограничивал творение Иисусовой молитвы мирянами, как правило, «устной» практикой, т.е. произнесением молитвы «очень неспешно вслух тихим голосом», допуская её повторение в уме только в присутствии посторонних людей. Игнатий учил, что «в упражнении молитвою Иисусовою есть своё начало, своя постепенность и свой конец бесконечный». Новоначальные монахи, как и миряне, должны заниматься, прежде всего, устной молитвой, продвижение же к более высоким ступеням молитвенного подвига обусловлено деятельным исполнением евангельских заповедей и опытным постижением учения св. отцов. В свою очередь, этот опыт «не замедлит открыть уму молящегося теснейшую связь между заповедями Евангелия и молитвою Иисусовою». Для достижения высших ступеней молитвы необходимо долго подвизаться в борьбе со страстями, чтобы «истребить в себе свойства греховные, привитые падением, и стяжать свойства, указанные Евангелием...» Тогда мало-помалу в человеке успокаиваются душевные движения, вызванные разгорячением крови, и молящегося согревает теплота Святого Духа, «вместе орошая и прохлаждая душу».