Согласно Флавию, главную роль в убийстве сыграл первосвященник-саддукей Анан II (Младший). Иаков («брат Иисуса, называемого Христом») и некоторые другие с ним были обвинены перед синедрионом в нарушении закона и приговорены к побитию камнями. Однако иерусалимские знатоки закона не согласились с этим решением и обратились с протестом к царю Агриппе II Ироду и новому прокуратору Альбину. Царь сместил первосвященника Анана, а на его место поставил Иисуса, сына Дамнея. Указание на родство с Христом связывает это место с так называемом «Testimonium Flavianum» («Свидетельством Флавия»), где говорится об Иисусе Христе. Хотя в критической библеистике XIX – начала XX в. делались попытки доказать неподлинность этих свидетельств, большинство исследователей второй половины XX в. принимают свидетельство, касающееся Иакова как подлинное (сомневаясь лишь в том, что Флавий мог назвать Иисуса Христом). Рассказ Флавия был известен Оригену (около 185 – около 254 гг.) и Евсевию Кесарийскому (около 263 – 340 гг.) и в некоторых ключевых моментах отличается от повествования христианского писателя II в. Егесиппа (подобно тому, как рассказ Флавия об Иоанне Предтече отличается в деталях от повествований евангелистов). В этом рассказе врагами Иакова оказываются саддукеи, тогда как «знатоки закона» (вероятно, фарисеи) встают на его защиту. Ввиду краткости сообщения Флавия для исследователей остаётся неясным, за какое именно преступление синедрион осудил Иакова. Хотя наиболее простым и вероятным ответом является указание на веру Иакова в Иисуса Христа, современные исследователи предлагают и иные объяснения, в частности личную неприязнь первосвященника Анана, возможно вызванную протестом Иакова против эксплуатации саддукейской аристократией бедных священников, или даже самопровозглашение Иакова первосвященником и то, что он возглавил движения зилотов. Согласно гипотезе Р. Айзенмана, Иаков является «Учителем праведности» из кумранских текстов (споры вокруг работ Р. Айзенмана не утихают; хотя большинство кумранологов отвергли такую интерпретацию, на сторону Айзенмана встал Э. Ноде). В отличие от христианских авторов Иосиф Флавий в дошедшей до нас версии текста не связывает напрямую убийство Иакова с последовавшим через несколько лет разрушением Иерусалима и храма войсками Тита (хотя Ориген и Евсевий приписывают Флавию такое мнение, приводя соответствующие цитаты). Большинство библеистов признают Иакова, «брата Господня» автором «Послания Иакова», входящего в состав Нового Завета. Оно имеет своеобразный характер и возбуждает нескончаемые споры о подлинности, времени и месте его составления. Послание, подписанное именем Иакова, состоит из пяти глав, и посланием считается только из-за его надписания: «Иаков, раб Бога и Господа Иисуса Христа, двенадцати коленам, находящимся в рассеянии». По своему содержанию оно представляет собой собрание всевозможных наставлений, рассуждений, изложенных, впрочем, очень стройно: об искушениях (1:2–18), об истинной вере (1:19–27), о том, что не следует взирать на лица (2:1–13), о вере и о добрых делах (2:14–26), об обуздании языка (3:1–18). Главы 4 и 5 обличают распри, самонадеянность, притеснителей, призывают к молитве. Исследователи задаются вопросом: для кого написано послание? «Двенадцать колен, живущих в рассеянии» на языке той эпохи могли означать истинный Израиль в смысле христиан из язычников. Название собраний синагогой (2:2) также не может говорить о том, что послание было направлено к обрезанным. Многие исследователи относят появление послания ко времени после 62 г. и приводят обычно такие аргументы.