Рассматривая различные вопросы текстологии Нового Завета, И.Д. Михаэлис пришёл к выводу о необходимости дать обоснование незыблемости канона Нового Завета (особенно в четвёртом издании – 1788 г.), т.е. доказать аутентичность книг Нового Завета с помощью метода исторической критики; только на этом основании возможен вывод о «божественности», т.е. каноничности, отдельных писаний Нового Завета. Основоположником рационалистического изучения Нового Завета считается историк церкви Иоганн Заломо Землер. В «Трактате о свободном исследовании канона» (1771–1775 гг.) он показал, что единый новозаветный канон не существовал изначально и во многих общинах был ограничен меньшим числом книг, что каноническими в разные времена и в разных местах были различные книги, и в некоторых общинах авторитетными признавались апокрифы и второканонические книги, тогда как в других они отвергались. Поэтому, по его убеждению, апостольское происхождение вошедших в канон Нового Завета книг необходимо проверить историческим исследованием. И.З. Землер сомневался в прямой принадлежности Послания к Евреям апостолу Павлу, поставил под вопрос авторство первого Послания Петра, а второе Послание Петра отнёс к концу II в. и предложил удалить из канона «Апокалипсис». Против подхода к тексту Священного Писания И.З. Землера выступили многие консервативные авторы. Так, Г.К. Генлейн в «Историко-критическом введении» (1794–1800 гг.) считал задачей исагогики доказать аутентичность и достоверность новозаветных писаний, прежде всего, тех, в подлинности которых уже давно существовали сомнения: Послания к Евреям, малых соборных Посланий, «Апокалипсиса». Цитатами из этих текстов часто обосновывали догматические и нравственные положения христианского вероучения. Догматический вопрос о каноничности писаний Нового Завета Г.К. Генлейн решал не с помощью аргумента об их богодухновенности, а используя историческое доказательство их подлинности. Рационалистическое направление в новозаветной библеистике начала XIX в. во многом получило развитие благодаря работам Иоганна Филиппа Габлера (1753–1826 гг.), основателя особого направления библеистики – библейского богословия. Во «Введении в Священное Писание» (не сохранилось, написано, как полагают исследователи, в 1789 г.) Г.К. Габлер рассматривал исагогику как «светскую науку», которая может быть полезна богословию, только если в ней последовательно придерживаться методов «высокой критики». В начале XIX в. такие исследования были написаны Иоганном Готфридом Эйхгорном и Вильгельмом Мартином Либерехтом Де Ветте. И.Г. Эйхгорн издал пять томов «Введения в Новый Завет», в котором подверг критическому анализу историю текста и канона Нового Завета (1804–1827 гг.). Отмечая особенности пастырских Посланий апостола Павла, он признал их псевдонимными (мнение, ставшее практически господствующим в последующей истории новозаветной библеистики). Важный для развития исагогики вывод И.Г. Эйхгорна заключался в следующем: решение церкви о том, что канон содержит чистое апостольское учение, предполагает включение в канон не только текстов самих апостолов, но и текстов, которые, по убеждению ранних христиан, не противоречили апостольским.