Поскольку для протестантов Библия стала единственным источником вероучения, весьма важными представлялись вопросы библейского канона и проблема надёжности и сохранности текста. Популярным становится и термин «исагогика». Так, итальянский учёный экзегет Сантес Пагнино издал книгу, озаглавленную «Isagoges seu introductionis ad sacras litteras liber» (Lugdini, 1528 г.). Французский реформат, гугенот Андре Риве озаглавил свой труд «Isagoge, seu introductio generalis ad Scripturam Sacram Veteris et Novi Testamenti» (Lugd. Batav., 1627 г.). Самым значительным исследованием XVI в. о Священном Писании, включавшим исагогические вопросы, была изданная 1566 г. в Венеции «Священная библиотека» («Bibliotheca Sancta»), состоявшая из восьми книг. Её автором был крещёный иудей, францисканец, а потом доминиканец Сикст Сиенский. Его колоссальный труд долгое время оставался непревзойдённым в католической и протестантской среде. Он получил широкое признание и неоднократно переиздавался (полностью и частями). Гуманисты Лоренцо Валла (около 1407 – 1457 гг.), Эразм Роттердамский (1466–1536 гг.), Жак Лефевр д'Этапль (латинизированное Якоб Фабер Стапуленсис; около 1450 – 1536 гг.) и кардинал Каэтан (итал. Томазо де Вио; 1469–1534 гг.) занимались вопросами исагогики, обсуждая, в частности, вопрос о подлинности текстов Библии. Их выводы не были восприняты учёными ведущих университетов того времени и современниками. Подлинным основоположником научной исагогики может считаться французский католический ораторианец Ришар Симон, который написал «Критическую историю текста Нового Завета» (1689 г.), «Критическую историю версий Нового Завета» (1690 г.), «Критическую историю основных комментариев Нового Завета» (1693 г.) и «Новые наблюдения над текстом и версиями Нового Завета» (1695 г.). Его работы содействовали появлению научной критики текста, прежде всего, литературной и историко-филологической критики Нового Завета. При этом, считая себя верным сыном церкви, он стремился согласовать гипотезы научной критики с Преданием церкви. Однако его взгляды осудили не только отрицавшие Предание протестанты, но и католики. Особенно резко выступил проповедник епископ Жак-Бенинь Боссюэ (1627–1704). Р. Симон был изгнан из общества ораторианцев, часть его книг была сожжена, десять включено в «Индекс запрещённых книг». Только после смерти Р. Симона его труды были высоко оценены немецкими протестантскими библеистами. Более чем через два века католическая церковь также положительно оценила его труды. Область вопросов, которыми занимается исагогика, была определена в XVIII в., в процессе интенсивных исследований, проведённых протестантами. К общей исагогике стали относить вопросы богодухновенности, канона, в XIX в. – разных аспектов библейской критики. Частная исагогика те же вопросы (авторство, время и место написания, повод и цель написания, жанровые особенности, источники) исследовала применительно к отдельным книгам Писания, а не к Писанию в целом. Филолог-ориенталист Иоганн Давид Михаэлис, известный многочисленными трудами, среди которых – 15-томный комментированный перевод Библии на немецкий язык (1769–1786 гг.), написал традиционное «Введение в Божественные Писания Нового Завета» (1750 г.).