В церкви святителя Иоанна Богослова в Погановском монастыре (около 1500 г.) святой представлен на северной стене наоса в ряду святых монахов: в рост, с непокрытой головой, с длинной раздвоенной на конце бородой. Сходное по иконографии изображение находится в южной певнице (капелле) церкви святителя Николая в селе Вуково близ Кюстендила (ХVI в.). В 1559–1560 гг. был создан фресковый образ Иоанна Рильского в нартексе церкви апостола Андрея на реке Треске (Македония). В церкви св. Феодора Тирона и Феодора Стратилата в селе Добырско близ Самокова (1614 г.) сохранились два изображения Иоанна Рильского: на фасаде и в южном нефе он представлен в числе преподобных; на голове куколь, в руке свиток. В церкви Сеславского монастыря (1616 г.) Иоанн Рильский изображён на южной стене притвора, в ряду святых, в рост, с седыми волосами и длинной раздвоенной бородой, на голове куколь. Также с длинной раздвоенной бородой, но непокрытой головой Иоанн Рильский изображён на южной стене Спасской церкви Алинского монастыря (1626 г.). Исследователи полагают, что тем же мастером выполнен и образ святого в церкви св. Петки в селе Селник в Македонии (1620 гг.) на южной стене справа от окна. В первой половине ХVII в. был создан образ Иоанна Рильского на фасаде «старой» Успенской церкви Драгалевского монастыря – седовласый монах с раздвоенной бородой, с крестом в правой руке. В церкви святителя Афанасия в селе Журче близ города Дебар в Македонии (1622 г.) святой изображён в притворе, на западной стороне северной арки. XVII–XVIII вв. исследователи датируют близкие по стилю и иконографической схеме, но с разным расположением десять клейм иконы Иоанна Рильского, хранящиеся в Национальном археологическом музее в Софии и в Музее Рильского монастыря. Образ Иоанна Рильского представлен в ряде сербских храмов: среди отшельников на западной стене притвора церкви Печской патриархии (1565 г.); в церкви Богородицы Eвергетиды в монастыре Студеница (1568 г.); в монастыре Ораховица в Хорватии (1594 г.); на северо-западном пилястре притвора в Троицкой церкви Плевлянского монастыря (1592 г.); в церкви Благовещения Кабларского монастыря (1632 г.), и в др. Появление этих изображений исследователи обычно связывают с восстановлением Печской патриархии (1557 г.). Несколько изображений Иоанна Рильского сохранилось в Румынии: в церкви великомученика Георгия в селе Воронец (1550 г.) – на северной стене нартекса; в монастыре Тисмана (1564 г.) – в нижнем регистре на южной стене нартекса.