Также во имя святого были освящены храмы: при Городской клинической психиатрической больнице №1 имени Николая Александровича Алексеева в Москве, в Архангельске (XIX в., разрушен в 1930 гг.), на архиерейском подворье в селе Леснолесье (Симферопольский район, Крым), Домовая церковь в Минске (XXI в.); приделы в Никольском «Морском» соборе в Кронштадте (начало XX в.), в Знаменском храме села Броды Старицкого района Тверской области (1905 г.), в Успенском храме села Белый Берег Сафоновского района Смоленской области (1885 г.); в часовнях (конец XIX в.) при Александро-Невском храме в городе Троицке Оренбургской области, в храме Рыльского во имя Николая Чудотворца (XIX в.). Самое раннее изображение Иоанна Рильского сохранилось на фреске в южной аркосолии притвора Боянской церкви (1259 г.), напротив образа Пахомия Великого: святой представлен как преподобный в монашеских одеждах (мантии, аналаве), старцем с высоким лбом, густыми седыми волосами и недлинной заострённой бородой; правая рука сложена в молитвенном жесте перед грудью с ладонью развёрнутой вовне, в левой – раскрытый свиток. Исследователи полагают, что на иконографию этого изображения оказал влияние образ Иоанна Лествичника, которому Иоанн Рильский уподоблён. С крестом и свитком святой изображён на фреске третьей четверти XIV в. в церкви апостола Иоанна Богослова Земенского монастыря (на южной стороне юго-западного столба); во фрагментарно сохранившейся росписи конца ХIV – начала ХV вв. в монастыре пророка Илии (Илиенском) близ Софии (на севесрной стене наоса); на фреске XV в. в церкви Петра и Павла в Велико-Тырнове. Большинство икон и фресок с образом Иоанна Рильского и сценами Жития находятся в Рильском монастыре. Фрагмент самого раннего житийного цикла дошёл до нас во фресках Хрельевой башни (1335–1343 гг.). Фрески иллюстрируют три эпизода Жития святого, посвящённые его отношениям с царём Петром (927–969 гг.): царь посещает отшельника и подносит ему дары; Иоанн Рильский отвергает дары и отказывается видеть царя; Иоанн Рильский передаёт через послов царя указания, как им увидеть друг друга (царь должен установить палатку на вершине горы, а святой сотворит туман – царь увидит туман, а Иоанн Рильский – палатку). К ХV в. исследователи относят образ Иоанна Рильского из церкви архангела Михаила в селе Сапарево близ города Кюстендил, где он впервые изображён вместе с двумя западно-болгарскими анахоретами.