Через посредство стишного Пролога краткое Житие Иоанна Рильского вошло в древнейший Софийский комплект Великих Миней Четьих, составление которого было завершено в Новгороде к 1538/1539 г. В середине XVI в. в Москве при дополнении Успенского и Царского комплектов Великих Миней Четьих в них было включено под 19 октября также пространное Житие, составленное Георгием Скилицей. Вошло это Житие и во все позднейшие комплекты Миней Четьих: Чудовский (1600 г.), Тулуповский (1629 г.), Милютинский (середина XVII в.) и др. В связи с Московскими канонизационными Соборами 1547 и 1549 гг. служба (в ряде случаев и проложное Житие) Иоанна Рильского были включены в так называемую Минею новым чудотворцам, в составе которой она далее и распространялась (например, Исторический музей, XVI в.); старший (дефектный) список конца 1540 гг. XVI в. (Российская государственная библиотека); в Минеи служебные на этом этапе она, по мнению исследователей, не вошла. Служба Иоанну Рильскому приурочена в русской рукописной традиции к 19 октября (единственная известная здесь дата почитания святого). Она может включать один или два канона первого гласа («Крепкыа с высоты помощь и просвещени ми пошли разума…» с указанием на перевод акростиха «Песнь приимете недостойную Георгия», что, однако, не соответствует действительности), шестого гласа («Божественным светом осиян…) или восьмого гласа; особенности распространения канонов на восточнославянской территории остаются неизученными. С середины XVI в. в составе нотированных крюковых Обиходов, стихирарей и певческих сборников исследователи встречают вместе с песнопениями в честь других южнославянских святых и стихиры в честь Иоанна Рильского знаменного распева. В XVIII – первой трети XX вв. эта традиция сохранялась в старообрядческих рукописях, гектографах и литографических изданиях. Со второй четверти XVII в. краткое Житие Иоанна Рильского регулярно издаётся в Москве в составе Пролога (первое издание в 1641 г.), служба (с каноном шестого гласа) – в составе октябрьского тома Миней служебных (первое издание 1645 г.). На рубеже 1610 и 1620 гг. сведения о мощах Иоанна Рильского были включены в антиуниатский полемический трактат Захарии (Копыстенского) «Палинодия»: «Недалеко от Дуная реки, пять дни ходу за местом великим Софиею есть у горах великих, которые ся зовуть Рыльскими, монастырь преподобнаго отца нашего Иоанна Рильскаго, котораго память обходит Церковь месяца октобрия 19 дня. Того святого тело есть целое в раце в монастыру том и чинит чуда, и многим уздравления и по нынешний день, а родом был Болгарин и постился в тых горах за царя Никифора Болгарина».