Помимо древнейшего покрова на мощи Иоанна в соборе Святой Софии были другие покровы и шитые предметы с образом святого. В 1673 г. мастером Михайлой Новгородцем был «назнаменован» лицевой покров на мощи Иоанна, вышитый Д.И. Дашковой (не сохранился), на котором святитель был представлен в архиерейской мантии, без клобука, правая рука в благословении, в левой – свиток. Исследователи полагают, что именно его подробное описание в описи собора 1833 г. среди «больших покровов» стоит на втором месте: «...Атласной красной, на нём вышит образ Святителя Иоанна архиепископа Новгородского золотом и серебром, около венца по обеим сторонам и около риз кругом низано жемчугом средним кафимским, по ризам низано жемчугом мелким, обложен лазоревым атласом, на нём шит тропарь и кондак серебром, в подножии летописец, подложен тафтою» (Описи Софийского собора 1833 г.). Изображение Иоанна в тёмной мантии, с шитыми жемчугом источниками, в процессии Новгородских святых, молящихся за Новгород, имеется на так называемом омофоре патриарха Никона (середина XVII в., Новгородский областной музей-заповедник). Среди образов, которые носили во время крестных ходов из собора Святой Софии, имелась хоругвь, шитая золотом и серебром, на одной стороне которой было изображение Успения Пресвятой Богородицы, на другой – «писанные красками» образы святителей Никиты и Иоанна (Описи Софийского собора 1833 г.). Изображения Иоанна помещались на мощевиках, например, на серебряном чеканном ковчеге из собора Святой Софии (Описи Софийского собора. 1993 г., выпуск 2, опись 1749 г., с указанием, что внутри «лоскут мантии и часть мощей», опись 1783 г., с указанием, что внутри «две части ризы» и четыре косточки; согласно описи 1833 г., в нём было «три косточки и две частицы ризы его»). В описях собора XVIII–XIX вв. предметы и детали облачения святителей Никиты и Иоанна отмечены как святыни, описаны как целостный ансамбль (например, под 1736, 1749 и 1751 гг. в составе гробницы Никиты; Описи Софийского собора. 1993 г., выпуск 2); в описи 1775 г. указаны под рубрикой «Одеяния святых чудотворцов Новгородских» как находившиеся в алтаре церкви Входа Господня в Иерусалим (Описи Софийского собора. 1993 г., выпуск 3). В описях 1789 и 1800 гг. одеяния святителей Иоанна и Никиты перечислены раздельно по типам облачения. В описи 1833 г. упоминается, что на мощах Иоанна была мантия: «...Схима монашеская, сверху по схиме мантия архиепископская со скрыжалями алыми, на коих кресты вышиты золотом, и источниками атласными…» (Описи Софийского собора 1833 г.); среди вещей «святителей Новгородских» отмечен лишь посох Иоанна, который по виду и тексту надписи совпадает с посохом митрополита Геронтия, переделанным в 1710 г., при митрополите Иове (Новгородский областной музей-заповедник). В числе многих святых Иоанн изображён на крышке ковчега-мощевика 1894 г. (фабрика Николая Васильевича Немирова-Колодкина, Исторический музей). В произведениях середины XVI в. образ Иоанна часто включался в состав избранных святых, в том числе «новых чудотворцев». Он присутствует на полях катапетасмы (1556 г., монастырь Хиландар на Афоне) – вклада царицы Анастасии Романовны: святитель сед, облачён в епископскую шапку, фелонь и омофор, правой рукой благословляет, в левой держит Евангелие.