В Софийской первой летописи повествуется о том, что болезнь архиепископа Сергия, в 1483 г. присланного в Новгород из Москвы вместо лишённого кафедры Феофила, новгородцы объясняли тем, что «Иоан чудотворець, что на беси ездил, тот створи ему» («Полное собрание русских летописей», том 6, выпуск 2). По мнению исследователей, Иоанн, почитавшийся к тому времени как первый Новгородский архиепископ, здесь выступает заступником новгородцев в желании сохранить ту степень церковной самостоятельности, которой они пользовались прежде. Общецерковное почитание Иоанна было установлено на Соборе в феврале 1547 г. («Полное собрание русских летописей», том 4, часть 1). Исследователи полагают, что инициатором канонизации Иоанна, почитание которого в XV в. было связано с идеологией независимости Новгорода от Москвы, был Макарий, в 1526–1542 гг. – митрополит Новгородский. Очевидно, с общерусским прославлением святителя связано то, что в 1547/1548 г., в ходе перестройки придела во имя св. Иоанна Предтечи в Софийском соборе, где почивали мощи Иоанна, Новгородский архиепископ Феодосий «надгробие устрои над гробом Иванна, архиепископа Новгородцкаго, велми чюдно». 7 сентября, в день памяти Иоанна, архиепископ Феодосий освятил придел во имя св. Иоанна Предтечи «и повеле быти вседневнои» службе («Полное собрание русских летописей», том 4, часть 1). В другой летописи новое надгробие описано более подробно: архиепископ Феодосий «над гробом чюдотворцовым доспел теремци каменые (киворий)..., двери пробил на северную страну против чюдотворцева гроба..., а чюдотворца Иоанна написал, да и сребром всю икону обложил, да и позолотил, да и гривны золотые и серебрены к образу чюдотворцову приложил... У гроба чюдотворцова свещу негасимую поставил» («Новгородские летописи». 1879 г.). В 1559 г. по повелению Новгородского архиепископа Пимена была устроена новая деревянная рака святителя, в XIX в. хранившаяся в ризнице Софийского собора; к мощам святителей Иоанна и Гавриила был устроен вход, оформленный как крипта вследствие поднятия полов собора. В «Книгу степенную царского родословия» (рубеж 1550 и 1560 гг.) вошла особая редакция «Слова о знамении Святыя Богородица» («Полное собрание русских летописей», том 21). В 1563 г. Новгородский архиепископ Пимен написал послание царю Ивану IV Васильевичу под Полоцк, в котором среди небесных покровителей государя и его семьи назвал и «новоявленных чудотворцев» Никиту и Иоанна («Полное собрание русских летописей», том 13). Иоанн был одним из святителей, заступничеством которых царь объяснял взятие Полоцка («Полное собрание русских летописей», том 13). Новгородские святители Никита и Иоанн упоминаются вместе и в 1572 г., когда во время приезда в Новгород царя Ивана IV Грозного в соборе Святой Софии в ночь на 16 августа его супруга «царица православная Анна... по чюдотворцовым гробом знаменовалася» («Полное собрание русских летописей», том 30; «Новгородские летописи». 1879 г.).