Иоанн упоминался в связи с рассмотрением на Соборе в 1564 г. вопроса о белом клобуке как один из русских архиереев, носивших этот знак святительского отличия. Инок Евфимиева суздальского в честь Преображения Господня мужского монастыря Григорий во второй половине XVI в. составил Похвальное слово новым русским чудотворцам, где об Иоанне со ссылкой на его Житие говорится как о «светильнике новгородском», чудотворце, ездившем на бесе, «аки на осляти», в Иерусалим, где святитель (эти сведения отсутствуют в Житии, вошедшем в Великие Минеи Четьи) «приат от патриарха благословение и лобзание духовное, и емуже патриарх вда дары духовныя, клобук белой». Однако в «Повести о белом клобуке» эпизод с посылкой Константинопольским патриархом белого клобука Новгородскому архиепископу связан с именем Василия Калики. В Уставе церковных обрядов московского Успенского собора (вторая четверть XVII в.) записано под 7 сентября: «Празнуют Иванну Новгородскому с предпразнеством вкупе; вечер и утро благовест в ревут, звон бывает без болшаго, а пение по уставу; патриарх у вечерни и у заутрени не бывает, потому что в Чюдове бывает у всенощнаго» («Русская историческая библиотека», том 3). Новгородский митрополит Киприан, согласно рукописному Чиновнику новгородского Софийского собора (1629–1633 гг.), в 1629 г. установил празднование обретению мощей Иоанна. 1 декабря Чинопоследование совершалось в приделе св. Иоанна Предтечи с участием митрополита: «На переносе несут сион да плащаницу, образ Иоанна архиепископа, а несуть соборные да сенние попы... И бываеть того дни у святителя в Софейском дому стол властем и софейскому всему собору, а за столом хлеб Богородицын бывает и чтение от Жития и чюдес чюдотворца Иоанна». 7 сентября, в день памяти Иоанна и в предпразднство Рождества Пресвятой Богородицы, «святитель празднует в пределе у Иоанна Предтечи, где лежать мощи Иоанна архиепископа, с софейским собором, а власти к тому празднику не съезжаются, а вечерню, и всенощное, и заутреню, и литургию певцы поют обиход новгородцкой распев... И по вечерни поют молебен, а на молебне канон Успению Богородицы да Иоанну архиепископу, а ко всенощному благовест за 6 часов дни... А звонят ко всенощному и к Евангелию на софейской колоколни, а зазвонную статью чтут чюдо о шествии Иоанна архиепископа на бесе в Иерусалим. И по первой и второй кафизмах чтуть о житии и о рожении Иоаннове... По кажении святитель знаменуется на налоге у празника и ходит в темницу ко гробу чюдотворцеву и знаменуется у его мощей». Затем читался канон Успению и Иоанну, выносилась плащаница с образом Иоанна. Как и 1 декабря, после литургии за столом на владычном дворе читалось Житие Иоанна.