Кроме того, летописное известие о событиях 1445 г., когда в Рождественском соборе «начашася напрасно святительскыя гробы внутри горети и падати, а на завтрее, в самыи празник Препловленья, падеся церкви сборная святая Богородица» («Полное собрание русских летописей», том 3), косвенно указывает и на чудеса от гробниц Суздальских святителей, и на возможность обретения мощей святителей Феодора и Иоанна в ходе последующего восстановления храма, т.е. задолго до 1520 гг. К моменту исполнения хоругви иконография Иоанна полностью сложилась: святой внешне напоминает святителя Леонтия, на нём многокрестная фелонь и белый клобук. Святители изображены в позе оранта, с благословляющей десницей, в левой поднятой руке Евангелие (так называемый зарайский тип), это изображение явно восходит к аналогичным иконам Московских и Ростовских святителей, существовавшим уже в XV в. Рост почитания Иоанна во второй половине XVI в. подтверждается созданием шитого покрова на его гробницу, вложенного в Рождественский собор в 1578 г., при епископе Варлааме, княгиней Евдокией (в иночестве Евпраксия), первой женой князя Владимира Андреевича Старицкого, которая жила в суздальском Покровском монастыре. В 1581 г. она же вышила аналогичный покров с изображением Феодора; очередность исполнения произведений свидетельствует о более высоком статусе Иоанна. Композиция покровов с прямоличными фигурами святых в средниках, с текстами тропаря и кондака на каймах и со вкладными надписями обычна для предметов такого типа; образ Иоанна исполнен в соответствии с общими чертами его иконографии и выделяется лишь богатой орнаментацией деталей (примечательно изображение полиставрия с крестами в кругах, напоминающее об аналогичном облачении Леонтия Ростовского). Оригинальной деталью покровов исследователи считают наличие под ногами святителей орлецов – самый ранний и уникальный для своего времени случай использования данного атрибута, который характерен для русской богослужебной практики; исследователи полагают, что он должен был подчеркнуть авторитет Суздальской кафедры. Поводом для создания покровов, по мнению исследователей, стал пожар 1577 г., от которого серьёзно пострадали собор и архиерейский дом (по мнению исследователей, покровы повторяют иконографию утраченных произведений шитья или надгробных икон), а также почитание святителей княгиней-инокиней Евпраксией. Исследователи не сомневаются, что появление этих памятников связано с общим направлением деятельности Суздальских епископов для прославления местных святых: составлением Житий и служб иноком Спасо-Евфимиева монастыря Григорием (третья четверть XVI в.), причислением к лику святых Евфросинии Суздальской по инициативе епископа Варлаама (1570–1584 гг.) и украшением рак святителей Феодора и Иоанна серебряными окладами в 1598 г., при архиепископе Галактионе, которое могло включать изготовление новых крышек с фигурами святителей. Те же тенденции прослеживаются в изображении Божьей Матери «Моление о народе» и припадающих святых (1570–1580 гг.?) на шитой пелене (по другой версии, на выносном сударе). Пелена была обнаружена в 2005 г. в погребении Арсения Элассонского в Рождественском соборе и, по мнению исследователей, принадлежала этому храму или архиерейскому дому. Иоанн в белом клобуке изображён в верхнем из двух рядов коленопреклонённых святых; за ним показан святитель Феодор (без клобука; надпись общая: «Сты Иван и Феодор Суждалски чюдтворцы»); в нижнем ряду – преподобный Евфимий, святитель Дионисий, князь Мина Иванович Шимонович и преподобная Евфросиния Суздальские.