К XVI в., по мнению исследователей, могла восходить и упомянутая в описи 1683 г. обложенная серебром икона святителя Феодора на его гробнице; скорее всего, как полагают исследователи, существовала и подобная икона Иоанна, но в опубликованном тексте описи его погребение почему-то не значится (между тем оклады обеих рак 1598 г. были целы в середине XVIII в.). Ряд изображений Иоанна и Феодора был создан при архиепископе Серапионе (1634–1653 гг.), который «многую веру и благоговение имяше к великим святителям и чудотворцем Иоанну и Феодору» (это нашло отражение в его письме 1641 г. царю Михаилу Фёдоровичу, где спасение Суздаля в 1612 от поляков и литовцев приписывается заступничеству Богоматери, Иоанна и Феодора, а не других Суздальских святых). Исследователям известно, что при архиепископе Серапионе им было посвящено несколько храмов: в 1637 г. – придел церкви во имя апостола Иоанна Богослова в архиерейском доме, упразднённой при Иларионе (антиминс придела сохранился в Рождественском соборе; по другой, менее вероятной версии, это был придел самого собора), а около 1650 г. – придел Вознесенской церкви суздальского Александровского монастыря, для которого должны были писать иконы святителей. Исследователи не исключают, что при этом же архиерее образ святителей Николая, Иоанна и Феодора, аналогичный иконам из Рождественского собора, появился в церкви св. Иоанна Предтечи на суздальском подворье в Москве; по сообщению А. Фёдорова, он упоминается в описях 1656/1657 и 1681/1682 гг. и «ныне в той церкви имеется». По сведениям того же автора, в 1729 г. в селе Павловском близ Суздаля, принадлежавшем кафедральному собору, была разобрана обветшавшая двухпрестольная церковь Рождества св. Иоанна Предтечи и Суздальских святителей. В новом храме, уже не имевшем придела Иоанна и Феодора, сохранялась их старинная икона, находившаяся раньше в разобранной церкви. В 1635 г. по инициативе архиепископа Серапиона Рождественский собор был расписан артелью столичных мастеров; в программу стенописи вошли две пары изображений Суздальских святителей. Два медальона с образами Иоанна и Феодора включены в своеобразную деисусную композицию в нижней части главной апсиды: в центре находятся изображения Божьей Матери «Воплощение» и двух архангелов, по сторонам – полуфигуры Суздальских святителей и далее – двух св. диаконов. Помимо литургической символики и связи с темой прославления Богородицы, Которой посвящён собор, эта композиция, находящаяся рядом с горним местом, напоминала о том, что Суздальские архиереи являются преемниками Иоанна и Феодора. По сведениям Л.Ю. Беловой, вторая пара их изображений (фронтальных, в рост) помещена над раками в арках северного и южного притворов собора. Здесь образы Суздальских святителей сопоставляются с фигурами святителей Николая Чудотворца и Иоанна Златоуста, причём в отличие от традиционных изображений в алтаре они представлены без белых клобуков. В 1640 г. в собор была вложена шитая хоругвь с изображением Рождества Пресвятой Богородицы, Иоанна и Феодора (Владимиро-Суздальский музей-заповедник), в целом повторяющая композицию хоругви первой трети XVI в. В 1641 г. архиепископ Серапион заказал серебряный напрестольный крест, который был помещён в суздальский Ризоположенский монастырь (Владимиро-Суздальский музей-заповедник). На обороте его средней перекладины выгравированы поясные изображения святителей, обращённых к медальону с образом Божьей Матери «Воплощение» (по мнению исследователей, Василий Тимофеевич Георгиевский ошибочно считал, что в медальоне представлена Евфросиния Суздальская).