После сведения 13 октября 1586 г. с митрополичьего престола Дионисия Иов был поставлен «на митрополию... московскими архиепискупы и епискупы» 11 декабря того же года (Полное собрание русских летописей, том 14). Дионисий был лишён кафедры за связи с противниками Бориса Фёдоровича Годунова (как полагают исследователи, Борис Годунов был уверен в лояльности заместившего Дионисия на кафедре Иова). После смены митрополита имело место подтверждение царских грамот митрополичьему дому. 16 июня 1587 г. были подтверждены грамота Ивана IV о предоставлении первоиерарху права суда над населением владений митрополичьего дома, «опричь душегубства», тарханная грамота царя Фёдора Ивановича на слободу Святославль в Ростовском уезде и его же грамота о праве митрополичьих чиновников самим собирать и вносить в казну государственные налоги. Не были подтверждены грамоты на беспошлинный провоз товара из северских городов и Новгорода и на беспошлинную закупку товара для митрополичьей кафедры. В 1588 г. в Москву прибыл Константинопольский патриарх Иеремия II, в ходе его визита царь вновь поднял вопрос об учреждении в России патриаршества (русские власти начали обсуждение этой темы летом 1586 г., во время посещения Москвы Антиохийским патриархом Иоакимом VI). Ни Иов, ни его представители не участвовали в переговорах (начавшихся ещё при митрополите Дионисии). С Иеремией Иов встретился лишь в день своего поставления на патриарший престол, до этого от Московского митрополита Константинопольскому патриарху посылался «корм» (характерно, что ставленая грамота Иова хранилась в царской, а не в патриаршей казне). 26 января 1589 г. в Успенском соборе патриарх Иеремия и русские иерархи совершили чин возведения Иова в сан патриарха. В соответствии с русской традицией обряд поставления первосвятителя включал повторение епископской хиротонии (по свидетельству патриарха Никона, над Иовом трижды совершалось рукоположение во епископа: «Иов, митрополит Московский и всеа Росии Патриарх, в третие же рукоположен: прежде во епископы во граде Коломне, таже на митрополию Московскую, таже Патриархом Московским и всеа Росии. Сему свидетелствуют чиновныя книги и утвержденая грамота царя и великаго князя Феодора Ивановича всеа Росии и Святейших Патриархов Иеремии Константинополскаго и Иова, Патриарха Московскаго». Ко дню интронизации первого патриарха Московского и всея Руси по повелению царской семьи была изготовлена панагия, на которой была сделана соответствующая надпись, в центре помещена византийская камея из сардоникса с Распятием. Также для патриарха был изготовлен архиерейский Чиновник в драгоценном переплёте (Исторический музей). Патриарх Иеремия подарил Иову «роскошное служебное Евангелие XI в.». Отпуская Константинопольского патриарха из Москвы, царь Фёдор Иванович выразил желание, чтобы учреждение в России патриаршества было утверждено Собором восточных иерархов. Патриарх Иеремия выполнил эту просьбу. Вернувшись в Царьград весной 1590 г., он созвал Собор, на котором рассказал об учреждении патриаршества в России. Собор признал это деяние и утвердил патриарший сан за предстоятелями Русской церкви.