На основании представленных материалов было сделано заключение, что Дмитрий погиб в результате приступа болезни. Мать Дмитрия царицу Марию Фёдоровну постригли в монашество с именем Марфа, её родственники были обвинены в убийстве 12 человек и сосланы в разные города. Многих угличан казнили или выслали в сибирский город Пелым; колокол, возвестивший о смерти царевича, был лишён языка и увезён в Тобольск. 7 января 1598 г. скончался Фёдор Иванович. Иов соборовал и причастил царя перед кончиной, участвовал в отпевании и погребении его в приделе Иоанна Лествичника в Архангельском соборе Московского Кремля. По указу вдовствующей царицы Ирины Фёдоровны бояре докладывали патриарху о местнических спорах воевод в Пскове и Смоленске, после чего последовали грамоты Иова в эти города и Боярская дума приняла необходимые решения с собором духовенства. После принятия Ириной Фёдоровной в Новодевичьем московском в честь Смоленской иконы Божьей Матери монастыре монашества с именем Александра был спешно созван избирательный Земский собор (формально – по инициативе патриарха, фактически – по воле Бориса Годунова). Собор начался 17 февраля 1598 г. Патриарх выступил с речью, говорил о заслугах Бориса Годунова и о желательности возведения его на царский престол. После прений и решения вопроса в пользу Бориса Годунова по благословению Иова 18–20 февраля в московских храмах совершались молебны о даровании России царя Бориса Фёдоровича. В составленных при участии патриарха и его окружения соборном определении и утверждённой грамоте об избрании Бориса Годунова на примерах из византийской истории было обосновано право народа избирать монарха (примеры были подобраны так, чтобы указывать на Бориса Годунова). 15 марта патриарх разослал окружную грамоту, извещавшую об избрании царя, в которой призывал в течение трёх дней во всех храмах служить благодарственные молебны; к грамоте прилагались порядок поминовения царской семьи и порядок молебна. Избрание царём незнатного Бориса Годунова вызывало недовольство многих родовитых бояр, распространившееся и на патриарха, который активно участвовал в возвышении Бориса Годунова. Как писал патриарх в духовной грамоте, после смерти Фёдора Ивановича и до восшествия на престол Бориса Фёдоровича он пережил «озлобление, и клеветы, укоризны, рыдани, и слёзы». 1 сентября 1598 г. Иов с собором духовенства был в Новодевичьем монастыре и просил у царицы-инокини Александры благословение на царское венчание её брата. 3 сентября 1598 г. Иов венчал Бориса Фёдоровича в Успенском соборе. Чин царского венчания содержит речи патриарха, произнесённые перед возложением каждой регалии. В отправленной через две недели в Новгород царской грамоте подчёркивалось, что «учинился» новый царь «за моленьем и за прошеньем Святейшаго Иева, патриарха Московского и всеа Русии». Вскоре после избрания Бориса Фёдоровича поступили известия о походе на Русь крымского хана Казы-Гирея. Царь с войском выступил навстречу и остановился под Серпуховом. 2 июня 1598 г. Иов отправил послание царю, в котором благословлял мужественно стоять за Русскую землю.