Выросло значение русской иерархии. Архиепископии были преобразованы в митрополии – Новгородская, Казанская, Ростовская, Крутицкая, другие епархии стали архиепископиями – Вологодская, Суздальская, Смоленская, Рязанская, Тверская. Епископией осталась древняя Коломенская кафедра, а также созданная в 1589 г. Псковская епархия. В 1593 г. была учреждена Корельская епископия, в 1602 г. – Астраханская архиепископская кафедра. В царствование Фёдора Ивановича членов освященного Собора во главе с патриархом стали регулярно привлекать к участию в решении разнообразных государственных дел. Хотя в источниках такого рода совещания иногда называются «соборами», на деле речь шла о совместных заседаниях освященного Собора и Боярской думы. На одном из таких заседаний, в январе 1591 г., царь зачитал «речь», в которой оценивалось состояние отношений между Россией и Речью Посполитой и предлагались возможные решения существовавших проблем; на таком же собрании в 1593 г. царь «благословение прием ото отца своего и богомолца Иева патриарха и всего вселенского Собора» на военные действия против Швеции (Полное собрание русских летописей, том 14). Иов проявлял заботу об укреплении дисциплины духовенства. Несмотря на то что в 1551 г. Собор принял решение для поддержания дисциплины в низшем духовенстве учредить в Москве и в других городах должности поповских старост и десятских священников, меры в этом направлении, по-видимому, не были приняты. 13 июня 1594 г. Собор во главе с Иовом, основываясь на решении царя и патриарха от 1 июня того же года, постановил создать в Москве восемь должностей поповских старост, каждому из которых должны подчиняться сорок священников. В помощь старостам были даны по четыре десятских диакона (прежде десятскими были священники). Для ежедневных собраний старост и десятских предназначалась изба, специально построенная у собора Покрова Пресвятой Богородицы на Рву. В обязанность поповским старостам был вменён надзор за духовенством. Старосты должны были наблюдать, чтобы во всех церквах ежедневно совершалось богослужение, чтобы священники не уклонялись от исполнения обязанностей и служили бы в тех храмах, к которым они определены. Для наблюдения за поповскими старостами и десятскими диаконами патриарх назначил четырёх протопопов. Однако через десять лет патриарший тиун докладывал первосвятителю, что поповские старосты и десятские в избу у Покровского собора не приходят, попов и диаконов «не унимают от бесчинства», не могут навести порядок в служении безместного духовенства. 1 октября 1604 г. Иов издал новое распоряжение, в котором были повторены прежние предписания. В патриаршество Иова состоялся Собор, посвящённый проблеме церковного вина. В России были сомнения в «чистоте» вина, привозимого из неправославных стран. На Соборе было решено изготавливать вино в Москве из растения «вишение», допустив, таким образом, применение при совершении евхаристии невиноградного вина. При Иове продолжились начатые митрополитом Макарием канонизация русских святых (в том числе недавно живших подвижников) и установление новых церковных праздников.