Исследователям известны грамоты архиепископов Анхерика (927 г.) и Гуго I (932 г.) в пользу капитула, пожалования герцога Аквитании Вильгельма I (ум. в 918 г.) и графа Лиона Артальда I (ум. около 960 г.). В X в. в крипте храма была устроена капелла для погребения графа Артальда и его родственников (впоследствии капелла освящена во имя св. Поликарпа). В церкви были похоронены Лионские архиепископы Гебуин (1082 г.), Рено I из Семюра (1129 г.) и Рено II из Форе (1226 г.). В конце XI в. архиепископ Гуго из Ди (1082–1106 гг.) реформировал капитул, заменив секулярное духовенство регулярными августинскими канониками. Секулярные каноники, переведённые к церкви св. Иуста, настояли на сохранении своих привилегий, а также забрали ризницу и святыни из храма. Это привело к ухудшению положения церкви св. Иринея и к соперничеству между капитулами. В 1245 г. Римский папа Иннокентий IV даровал индульгенцию паломникам, которые посещали церковь св. Иринея в дни памяти св. Варфоломея (24 августа) и Иринея Лионского (3 июля). В 1251, 1252 и 1306 гг. приорам церкви св. Иринея поручалось обнародовать папские буллы. В обитуарии кафедрального собора (XIV–XV вв.) церкви св. Иринея упоминается как один из важных городских храмов, часто получавший дарения и пожертвования. К XIII в. исследователи относят начало спора между канониками церкви св. Иринея и духовенством церкви св. Иуста о местонахождении гробницы Иринея Лионского. Исследователи предполагают, что тогда же была выполнена мозаика в хоре церкви св. Иринея со стихотворной надписью, в которой сообщалось о погребении здесь Иринея Лионского и 19 тыс. мучеников: «Здесь почивает сонм спутников предстоятеля Иринея, которых он через мученичество привёл к вышнему своду небес...». В крипте была помещена другая надпись с указанием на гробницы Иринея Лионского, Епиподия и Александра. Надписи были выполнены с целью подтвердить наличие мощей святых в церкви св. Иринея. В 1287 г. по инициативе Бонифация из Аосты, генерального викария архиепископства, была создана комиссия для изучения вопроса о подлинной гробнице Иринея Лионского. В церкви св. Иуста члены комиссии произвели вскрытие гробницы, на которой была надпись: «Здесь почивает св. Ириней, второй после св. Потина», и обнаружили в ней мощи. Несмотря на то что решение было вынесено в пользу церкви св. Иуста, спор не получил продолжения. Разногласия между капитулами возобновились в начале XV в. и потребовали вмешательства папского легата кардинала Пьера де Тюре, который провёл расследование с участием своего брата, Лионского архиепископа Филиппа де Тюре, многочисленных прелатов и представителей знати (1410 г.). При визитации церкви св. Иринея легату представили древние рукописи, в том числе мартирологи, в которых содержались указания на церковь св. Иринея как на место погребения святого. Городское духовенство засвидетельствовало обычай, согласно которому в дни памяти Иринея Лионского, Епиподия и Александра совершалась торжественная процессия каноников собора в церковь св. Иринея. Легат обратил внимание на надписи и саркофаги в крипте, которые указывали на почтенный возраст храма. Учитывая «древность названной церкви св. Иринея, свидетельства мартирологов, резные саркофаги, общественное мнение, результаты осмотра и прочее», легат вынес решение в пользу капитула храма св. Иринея.