В акте о передаче частицы мощей Иринея Лионского (1638 г.) святой назван «одним из апостолов Франции и величайших украшений города». Развитию почитания Иринея Лионского способствовало знакомство с его сочинениями, которые в Средние века были мало известны, однако неоднократно издавались в XVI–XVII вв. и использовались в полемике с протестантами. Лионские авторы подчёркивали значение Иринея Лионского как первого христианского мыслителя, провозгласившего идею непорочного зачатия Богоматери. В духе доктрины галликанизма Ж.Б. Боссюэ подчёркивал значение Иринея Лионского как одного из древнейших христианских богословов и как епископа Лионского: «Особое преимущество Галликанской Церкви состоит в том, что он (Ириней) был епископом в одной из самых древних и значительных наших Церквей, и особое утешение для нас в том, чтобы находить в его писаниях памятник нашей местной веры». Несмотря на то что почитание Иринея Лионского играло важную роль в укреплении позиций Лионской кафедры, посвящённая святому церковь находилась в тяжёлом положении. После смерти К. Гролье должность приора передавалась в качестве комменды прелатам, которые имели малое отношение к делам храма. Количество каноников в XVII в. сократилось до восьми. В 1704 г. прежний капитул был распущен, управление церковью передано конгрегации регулярных каноников св. Геновефы (геновефинцам). Каноники-геновефинцы открыли новициат при храме, построили здание капитула, активно занимались благотворительностью. Во время Французской революции (1789–1799 гг.) капитул церкви св. Иринея был упразднён, однако каноники оставались при храме в качестве приходских священников. В период осады Лиона войсками Конвента (август-октябрь 1793 г.) здание приората использовалось как военный госпиталь, крипта служила убежищем при обстрелах. После падения города и начала террора гонения на духовенство, конфискация и уничтожение церковного имущества приобрели массовый характер. Здание церкви св. Иринея было продано в частное владение и до 1802 г. использовалось для хранения сена. После возвращения его католической церкви восстановительные работы провели за счёт муниципалитета. Возрождение церковной жизни в Лионе в XIX в. сопровождалось возрождением представлений о Лионской кафедре как об оплоте католицизма во Франции. Кардинал Жозеф Феш, архиепископ Лионский (1802–1839 гг.), перед кафедральным капитулом (1807 г.) говорил о «святой Лионской Церкви, Церкви Пофина и Иринея, вскормленной кровью стольких мучеников, прославленной замечательным преемством столь благородных и ученых предстоятелей, первой во всём католическом мире после Римской Церкви». В 1816 г. в Лионе было основано Общество пресвитеров св. Иринея, в 1817 г. восстановлено братство во имя Иринея и Лионских мучеников. Ириней Лионский почитался не только как покровитель архиепископства, но и как основоположник традиций Лионской церкви. Во время споров о приведении богослужения по «лионскому обряду» в соответствие с римским образцом (1860 гг.) выдвигались аргументы, определявшие «лионский обряд» как наследие святых Пофина и Иринея Лионского, первых проповедников христианства в Галлии.