В присутствии свидетелей легат совершил вскрытие свинцовых рак с мощами Иринея Лионского, Епиподия и Александра, после чего мощи были помещены в деревянные ковчеги. По указанию кардинала Пьера де Тюре было установлено ежегодное празднование в память открытия мощей (6 апреля). Каноники церкви св. Иуста, недовольные решением легата, обратились к лионскому сенешалю (31 июля 1410 г.). В ответ приор церкви св. Иринея апеллировал к папской курии, после чего капитул св. Иуста подал жалобу в Парижский парламент. Антипапа Иоанн XXIII поручил кардиналу Энрико Минутоло разрешить конфликт, однако это не принесло результатов. В 1413 г. стороны прибегли к помощи арбитра, кардинала Жана де Рошталье, латинского патриарха Константинопольского, который обладал полномочиями папского легата в Лионском архиепископстве. Каноники церкви св. Иуста привели дополнительные доказательства – находившуюся в церкви стихотворную надпись с упоминанием о мощах святых Иринея Лионского, Епиподия, Александра, Поликарпа и других мучеников, а также опись святынь храма (XIII в.), среди которых наиболее почитаемой были мощи Иринея Лионского (в церкви почивали мощи многих святых, в том числе древних Лионских епископов и архиепископов). Со своей стороны каноники церкви св. Иринея указывали на соответствие расположения гробниц в крипте храма свидетельствам «древних мартирологов лионских церквей». 9 августа 1413 г. легат огласил компромиссное решение, по которому первоначальным местом захоронения Иринея Лионского и других мучеников была крипта под церковью св. Иуста, однако епископ Патиент перенёс мощи святых в построенную им церковь св. Иринея. Таким образом, фактически спор был решён в пользу церкви св. Иринея, однако с капитула церкви св. Иуста было снято обвинение в фальсификации доказательств. Стороны согласились с решением легата, что положило конец разногласиям (документы процессов 1410 и 1413 гг. опубликованы). Спор между капитулами, в котором принимали участие ведущие духовные и светские деятели Лиона, способствовал укреплению почитания Иринея Лионского. При церкви св. Иринея действовало братство в честь Иринея Лионского и Лионских мучеников. В крипте были сосредоточены главные святыни храма – мощи Иринея Лионского (в центральном алтаре), Епиподия и Александра (в боковых алтарях), а также гробница мучеников Минервия и Елеазара и восьми его детей. Над колодцем, по преданию наполненным благоуханной кровью мучеников, находился алтарь св. Варфоломея. В боковой капелле, посвящённой Страстям Господним, почиталась часть столба бичевания, а в капелле св. Поликарпа – частица мощей этого святого. Стены крипты были украшены надписями, прославлявшими мучеников. В ночь на 30 апреля 1562 г. Лион был захвачен гугенотами во главе с Франсуа де Бомоном, бароном дез Адре (см. Религиозные войны во Франции). Церкви подверглись осквернению, их убранство было расхищено или уничтожено. Во время погрома пострадала церковь св. Иринея: верхний храм частично разрушен, мощи святых утрачены. В латинской поэме «Скорби Франции», написанной современником событий, сообщается: «Храм Иринея уничтожен, разгромлен; тела святых втоптаны в грязь; в куски разбит святой столб Иисуса Христа».