С одной стороны от него похоронен мученик Епиподий, с другой – Александр. Красота этой крипты столь широко известна, что, как считается, знаменует заслугу мученичества». Влиянием агиографической традиции исследователи объясняют включение в перечень Лугдунских епископов (редакция IX в.) имени св. Захарии, якобы преемника Иринея Лионского. В документах судебного процесса, который вели в 1410–1413 гг. капитулы храмов св. Ириней Лионский и св. Иуста в Лионе, упоминается, что в это время основными источниками сведений об Иринее Лионском считались сказания в Мартирологах, в частности, в Мартирологе Адона. В документах приведена выдержка из гомилии на день памяти святого. В некоторых средневековых источниках сообщаются дополнительные подробности о месте казни Иринея Лионского, а также о том, что одновременно со святым пострадали 18 или 19 тыс. мучеников. В первом издании Римского Мартиролога в кратком сказании об Иринее Лионском кардинал Цезарь Бароний упомянул о свидетельстве Иеронима Стридонского и о творениях Иринея Лионского, однако привёл также легендарные сведения о его мученической кончине при императоре Септимии Севере «почти со всеми жителями своего города». В «Церковных анналах» Цезарь Бароний подчеркнул достоверность агиографической традиции Иринея Лионского, предложив датировать его кончину 202 г. К позднейшему этапу развития традиции почитания Иринея Лионского исследователи относят варианты чтений на день его памяти из Римского бревиария (1568 г.) и Бревиария Лионского архиепископства (1815 г.). В чтениях из Римского бревиария сделана попытка дистанцироваться от агиографических преданий, которые недостаточно подтверждены историческими источниками. Приведённое там повествование о жизни Иринея Лионского, по мнению исследователей, основано на сведениях, заимствованных из сочинений Евсевия и Иеронима, а также из произведений Иринея Лионского. Кратко упоминается о мученической кончине святого в 202 г. Более поздние чтения из бревиария Лионского архиепископства во многом следуют тексту из Римского бревиария, однако в них сохранены элементы местной агиографической традиции (упоминания об учениках Иринея Лионского, проповедовавших в Галлии, о гибели святого вместе с многочисленной паствой и о захоронении его тела пресвитером Захарией), а также добавлены сведения о мощах Иринея Лионского. Французские авторы, не сомневаясь в достоверности предания о мученичестве Иринея Лионского, пытались совместить его с историческими данными. Ф.А. Жервез поместил повествование о мученичестве Иринея Лионского в контекст истории Римской империи при Септимии Севере, однако отрицал связь между поражением Клодия Альбина и гибелью святого, которую он вслед за Цезарем Баронием датировал 202 или 203 г. В отличие от большинства католических авторов Г. Додуэлл отрицал достоверность предания о мученичестве Иринея Лионского, что привело к широкой научной дискуссии по этому вопросу. В XIX в. некоторые авторы отстаивали достоверность предания в целом, признавая отдельные его элементы неисторичными. Большинство современных исследователей соглашаются с выводом о недостоверности агиографических сведений, однако в Римско-католической церкви совершается поминовение Иринея Лионского как епископа и мученика.