Усматривая в экклезиологии протопресвитера Николая Афанасьева и протопресвитера Александра Шмемана тенденцию к автономизации каждого евхаристического собрания, Иоанн Зизиулас подчёркивает, что евхаристия на приходах есть лишь продолжение епископской евхаристии. В лице епископа явлено единство собранных на определённом географическом пространстве верных, которых он представляет также на вселенском уровне, находясь в общении с епископами других церквей. Поэтому именно епископ является гарантом кафоличности поместной церкви и, собственно, «критерием церковности». Таким образом, действительным экклезиологическим статусом поместной церкви обладает епископальный диоцез, а не приход или патриархат, который является лишь вспомогательной структурой для обеспечения всестороннего взаимодействия и необходимого общения равных по существу поместных церквей и их епископов. Евхаристическая природа церкви и понимание роли епископа как председательствующего в евхаристическом богослужении требуют, по мнению Иоанна Зизиуласа, создания малых епархий. Это обеспечило бы более тесную связь предстоятеля и паствы, объединённых вокруг евхаристии, и сделало бы излишним «скандально неканонический институт» титулярных (викарных) епископов. Положение, когда на одной территории несут служение сразу несколько епископов, противоречит поместному единству церкви и ведёт к разделениям, что становится особенно явным в среде православной диаспоры. Давая богословское обоснование возникшим в силу исторических и политических обстоятельств церковно-институциональным структурам с возвышением одних над другими (метрополии, пентархия патриархатов), Иоанн Зизиулас развивает идею первенства в церкви (см. ст. Примат) на основе изначально присущей христианскому вероучению диалектики нерасторжимой взаимообусловленности «одного» и «многого» – в триадологии, в учении о тождестве всех евхаристий, о Теле церковном и его Главе. Исходя из этого, по Иоанну Зизиуласу, нельзя отрицать принципиальную совместимость экклезиологического принципа концилиарности с определённым представлением о примате. Древнейшее подтверждение этому он усматривает в Апостольском правиле 34, постановляющем епископам быть в единомыслии по образу Пресвятой Троицы, признавая между собой первого как главу. Иоанн Зизиулас утверждает, что в противовес претензиям универсального юрисдикционного примата Рима Восточные церкви утвердили первенство за Константинопольским патриархом, наделив его при этом не только прерогативой чести, но и определёнными полномочиями в целях поддержания единого канонического порядка. Таким образом, вопрос об авторитете и о центральной власти в церкви ставится Иоанном Зизиуласом одновременно как вопрос устроения и веры: «Церковь, которая не способна говорить «едиными устами», не является истинным образом тела Христова. Православная система автокефалий нуждается (и фактически имеет) в некоторой форме первенства, которая позволяла бы ей “работать”». Стремление Иоанна Зизиуласа толковать с богословско-исторических позиций примат Константинопольского патриарха шире, чем только первенство чести, встречает критику и несогласие со стороны богословов многих православных церквей, в том числе Русской. Считая экклезиологическую проблему папской власти наиболее острой на экуменическом уровне, Иоанн Зизиулас видит возможность её решения только при условии признания сущностного равенства католической церкви и православной церкви и при полном отказе от юрисдикционного истолкования примата.