Богословская мысль Иоанна Зизиуласа развивается в русле методологических идей, сформулированных в трудах русских православных богословов XX в., работавших в эмиграции в Западной Европе и США. Общим для их метода являются установка на укоренение богословия в церковном опыте и рассмотрение богословских проблем, актуальных для каждой культурно-исторической эпохи жизни церкви. Руководствуясь принципами неопатристического синтеза, выработанными протоиереем Г. Флоровским, Иоанн Зизиулас стремится к тщательному анализу источников с учётом богословских и культурно-философских аспектов соответствующего исторического контекста. При этом он решительно возражает против восприятия философских, исторических и филологических проблем, связанных с толкованием патристических текстов, в качестве самодостаточного предмета богословских исследований. Цель богословия, согласно Иоанну Зизиуласу, заключается в таком свидетельстве современникам о полноте явленной во Христе и в Его Церкви Истины, которое раскрывает определяющее значение откровения для понимания человеком Бога, себя и окружающего мира, а также для решения всего спектра насущных гуманитарных проблем. Для осуществления такого свидетельства богослов, действуя в духе св. отцов, призван использовать весь арсенал современных ему выразительных средств, преодолевая при необходимости их несовершенство и ограниченность. В основе богословского метода Иоанна Зизиуласа лежит дедуктивный подход: опора не на объективированные наблюдения человека и окружающего мира, сопровождающиеся беспредпосылочной аналитической работой автономного рассудка, а на свидетельства Божественного откровения, выраженные в Священном Писании, литургической жизни церкви, догматических учениях св. отцов и других формах. Поэтому, привлекая отдельные философские понятия и интуиции в той мере, в какой они полезны для решения богословских задач, Иоанн Зизиулас сознательно отказывается ограничивать себя исходно связанными с ними концептуальными представлениями. По его мысли, для богословия характерен принципиально иной гносеологический подход. В отличие от онтологий философских богословская онтология не обусловлена гносеологией. При этом Иоанн Зизиулас не рассматривает философию как средство обоснования богословия, считая опору на патристическое богословие условием подлинной философии. Обращаясь к античности, он уделяет особое внимание категориальному аппарату и онтологии Платона и Аристотеля. Основная задача для Иоанна Зизиуласа в этом случае – выявление на этом фоне принципиально новой философской и культурно-мировоззренческой перспективы, задаваемой святоотеческой мыслью IV–VIII вв. Характеризуя ключевые онтологические аспекты христианского восприятия Бога, человека и тварного мира, Иоанн Зизиулас большей частью привлекает писания св. отцов IV в.: Афанасия I Великого, Василия Великого, Григория Богослова и Григория Нисского. В доникейской святоотеческой мысли основное внимание Иоанн Зизиулас уделяет Игнатию Богоносцу и Иринею Лионскому, на произведения которых он ссылается преимущественно при рассмотрении православного понимания церкви, евхаристии и епископского служения.